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网站编号：188613
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                         W e l c o m e t o t h e C u i L a b B i o i n f o r m a t i c s a n d S y s t e m s B i o l o g y W e l c o m e t o t h e C u i L a b B i o i n f o r m a t i c s a n d S y s t e m s B i o l o g y H o m e M e m b e r s P h o t o s S o f t w a r e D a t a b a s e S u p p l D a t a P u b l i c a t i o n P o s i t i o n T h e a i m o f C u i L a b i s d e v e l o p i n g m e t h o d s o f b i o i n f o r m a t i c s a n d s y s t e m s b i o l o g y t o i n v e s t i g a t e b i o m e d i c a l s c i e n c e s o r p r o v i d e h e l p s f o r b i o l o g i s t s a n d m e d i c a l s c i e n t i s t s i n t h e i r s t u d i e s . C u r r e n t l y , w e f o c u s o n d e v e l o p i n g b i o i n f o r m a t i c m e t h o d s o f n o n c o d i n g R N A s a n d n e t w o r k p h a r m a c o l o g y f o r c o m p l e x d i s e a s e s s u c h a s c a r d i o v a s c u l a r d i s e a s e s . C u r r e n t l y w e m a i n l y f o c u s o n : A n a l y s i s , p r e d i c t i o n , a n d m o d e l i n g o f R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s W e a r e d e v e l o p i n g b i o i n f o r m a t i c s m e t h o d s a n d t o o l s f o r t h e p r e d i c t i o n o f R N A ( m a i n l y m i R N A s , l n c R N A s ) d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . W e a r e f o c u s i n g o n d i s s e c t i n g t h e k e y m i R N A s / l n c R N A s i n v o l v e d i n i m p o r t a n t a n d c o m p l e x d i s e a s e s s u c h a s c a r d i o v a s c u l a r d i s e a s e , c a n c e r , a n d d i a b e t e s . A c c o r d i n g t o l i t e r a t u r e r e c o r d , w e d e v e l o p e d t h e f i r s t m i R N A d i s e a s e d a t a b a s e ( H M D D , D e c e m b e r 2 0 0 7 ) a n d t h e f i r s t c o m p u t a t i o n a l m e t h o d ( m i R N A s p e c i f i c i t y i n d e x , t a u ) f o r t h e p r e d i c t i o n o f m i R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s ( L u e t a l . , P L o S O N E 2 0 0 8 ) , t h e f i r s t l n c R N A d i s e a s e d a t a b a s e ( L n c R N A D i s e a s e , J u n e 2 0 1 2 ) a n d t h e f i r s t c o m p u t a t i o n a l m e t h o d f o r t h e p r e d i c t i o n o f l n c R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s ( g e n o m i c l o c u s b a s e d , C h e n e t a l . N A R 2 0 1 3 ) i n t h e w o r l d . K n o w l e d g e a n d p a t t e r n d i s c o v e r y f o r t h e r e g u l a t o r y r u l e s o f R N A s i n d i s e a s e s W e a r e p e r f o r m i n g b i o i n f o r m a t i c s a n a l y s i s t o u n c o v e r t h e r e g u l a t o r y p a t t e r n s o r r u l e s o f R N A s i n d i s e a s e s . W e a r e i n t e r e s t e d i n d e v e l o p i n g b i o i n f o r m a t i c s m e t h o d s f o r t h e i n f e r e n c e o f n o v e l f u n c t i o n s o f R N A s i n d i s e a s e s . R N A b a s e d d r u g r e s e a r c h Q i u e t a l . , S c i e n t i f i c R e p o r t s 2 0 1 2 ) . m i R U P n e t R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : m i R U P n e t i s a t o o l t o p r e d i c t t h e f u n c t i o n o f a m i R N A b a s e d o n f u n c t i o n a l e n r i c h m e n t a n a l y s i s o f i t s u p s t r e a m i n t e r a c t i n g c o n t e x t . ( Q i u e t a l . , M o l e c u l a r B i o S y s t e m s 2 0 1 2 ) . m i R 2 G e n e R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : m i R 2 G e n e i s a t o o l t o p r e d i c t t h e f u n c t i o n o f p r o t e i n c o d i n g g e n e b y m i R N A s e t e n r i c h m e n t a n a l y s i s o f m i R N A s t h a t r e g u l a t e t h e g e n e . ( Q i u e t a l . , B M C S y s t e m s B i o l o g y 2 0 1 1 ) . P P U S R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : P P U S i s a t o o l t o p r e d i c t p s e u d o u r i d i n e s i t e s r e c o g n i z e d b y p s e u d o u r i d i n e s y n t h a s e i n R N A . C u r r e n t l y , P P U S c a n p r e d i c t p s e u d o u r i d i n e s i t e s r e c o g n i z e d b y P U S 1 , P U S 4 a n d P U S 7 i n y e a s t a n d P U S 4 i n h u m a n . P P U S e m p l o y e d s u p p o r t v e c t o r m a c h i n e a s t h e c l a s s i f i e r a n d u s e d n u c l e o t i d e s a r o u n d p s e u d o u r i d i n e s i t e a s f e a t u r e . . ( L i e t a l . , B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 5 ) . L n c R N A D i s e a s e R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e a n d s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : L n c R N A D i s e a s e i s a d a t a b a s e t h a t i n t e g r a t e d e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d l o n g n o n c o d i n g R N A ( l n c R N A ) a n d d i s e a s e a s s o c i a t i o n s , a n d l n c R N A i n t e r a c t i o n s . L n c R N A D i s e a s e i s a l s o a s o f t w a r e p l a t f o r m t h a t i n t e g r a t e d t o o l s f o r p r e d i c t i o n n o v e l r e l a t i o n s h i p b e t w e e n l n c R N A s a n d d i s e a s e s . O n J u n e 2 0 1 8 , L n c R N A D i s e a s e 2 . 0 w a s r e l e a s e d . R e c e n t l y , L n c R N A D i s e a s e 3 . 0 h a s b e e n r e l e a s e d . L n c T a r R e s o u r c e t y p e : S t a n d a l o n e s o f t w a r e a n d W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : L n c T a r i s a n e f f i c i e n t t o o l f o r p r e d i c t i n g t h e R N A t a r g e t s o f l o n g n o n c o d i n g R N A s ( l n c R N A s ) . L n c T a r c a n r u n u n d e r W i n d o w s a n d L i n u x . L n c T a r s h o w s t h e f o l l o w i n g a d v a n t a g e s : 1 ) i t h a s n o l i m i t s t o R N A s i z e . A s w e k n o w , i t c a n p r o c e s s t h e l a r g e s t l n c R N A s a n d m R N A s i n c u r r e n t h u m a n g e n o m e ; 2 ) i t r u n s f a s t . L n c T a r c a n p r e d i c t o n e R N A R N A i n t e r a c t i o n ~ 1 0 s e c o n d s o n a v e r a g e o n a P C ; 3 ) i t p r e s e n t s a q u a n t i t a t i v e s t a n d a r d t o a u t o m a t i c a l l y e v a l u a t e w h e t h e r t w o R N A s c a n i n t e r a c t w i t h e a c h o t h e r ; 4 ) i t s h o w s a h i g h a c c u r a c y . L n c T a r a c h i e v e d a n a c c u r a c y o f 8 0 % t o t h e p r e d i c t i o n s o f c u r r e n t e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d m R N A t a r g e t s o f l n c R N A s ( L i e t a l . , B r i e f B i o i n f o r m 2 0 1 4 ) . R s i t e 2 R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : R s i t e 2 i s a s e c o n d a r y s t r u c t u r e b a s e d c o m p u t a t i o n a l m e t h o d t o p r e d i c t t h e f u n c t i o n a l s i t e s o f n o n c o d i n g R N A s ( n c R N A s ) , w h i c h r e p r e s e n t a b i g c l a s s o f R N A m o l e c u l e s t h a t s h o w c r i t i c a l r e g u l a t o r y f u n c t i o n s i n a v a r i e t y o f b i o l o g i c a l p r o c e s s e s . ( Z e n g e t a l . , S c i e n t i f i c R e p o r t s 2 0 1 6 ) . L n c D i s e a s e R e s o u r c e t y p e : S t a n d a l o n e s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : L n c D i s e a s e i s a n o v e l c o m p u t a t i o n a l m e t h o d a n d t o o l t o p r e d i c t t h e a s s o c i a t i o n s b e t w e e n l n c R N A s a n d d i s e a s e s ( W a n g e t a l . , N A R 2 0 1 6 ) . S R A M P R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : S R A M P w o u l d s e r v e a s a u s e f u l t o o l t o p r e d i c t m 6 A m o d i f i c a t i o n s i t e s o n t h e R N A s e q u e n c e s ( Z h o u e t a l . , N A R 2 0 1 6 ) . M i c r o P a t t e r n R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : M i c r o P a t t e r n i s a t o o l u s e d t o m i n e r e g u l a r r u l e s a n d p a t t e r n s b e h i n d a l i s t o f m i c r o b e s . M i c r o P a t t e r n c a n a l s o b e u s e d t o c a l c u l a t e t h e s i m i l a r i t y b e t w e e n t h e g i v e n d i s e a s e a s s o c i a t e d m i c r o b e l i s t a n d t h e c o l l e c t e d m i c r o d i s e a s e a s s o c i a t i o n d a t a s e t ( S c i R e p . 2 0 1 7 ) . D r u g P a t t e r n R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : D r u g P a t t e r n i s a t o o l t o d i s c o v e r p a t t e r n s a n d r u l e s b e h i n d a l i s t o f d r u g s . B y c o n n e c t i n g w h a t e v e r ( f o r e x a m p l e d r u g , c h e m i c a l c o m p o u n d , e n v i r o n m e n t a l f a c t o r , g e n e t i c f a c t o r e t c . ) y o u i n v e s t i g a t e d t o a l i s t o f d r u g s , y o u c a n p r e d i c t a n u m b e r o f c h a r a c t e r i c s ( f o r e x a m p l e b e n e f i c i a l e f f e c t s , d e l e t e r i o u s e f f e c t s o n h u m a n b o d y ) o f t h e t h e i n v e s t i g a t e d f a c t o r ( J o u r n a l o f G e n e t i c s a n d G e n o m i c s . 2 0 1 8 ) . m i E S R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : E v a l u a t i n g t h e e s s e n t i a l i t y o r i m p o r t a n c e r e p r e s e n t s o n e k e y s t e p t o d i s c o v e r c r i t i c a l m i R N A s i n d i s e a s e s ( i n c l u d i n g d i a g n o s i s / t h e r a p y ) . m i E S i s a t o o l t o p r e d i c t t h e e s s e n t i a l i t y o r i m p o r t a n c e o f m i R N A s w i t h m a c h i n e l e a r n i n g a n d s e q u e n c e f e a t u r e s . M o r e o v e r , m i E S s c o r e c a n b e u s e d t o i d e n t i f y c a n d i d a t e m i R N A s f r o m m i R N A t r a n s c r i p t o m e d a t a , t o d i s c o v e r h o t s p o t m i R N A s , a n d d i s s e c t t h e m i R N A s w i t h c r o s s s p e c i e s d i f f e r e n c e i n e s s e n t i a l i t y e t c ( B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 8 ) . G I C ( G e n e I m p o r t a n c e C a l c u l a t o r ) R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : E v a l u a t i n g t h e e s s e n t i a l i t y o r i m p o r t a n c e r e p r e s e n t s o n e k e y s t e p t o d i s c o v e r c r i t i c a l m R N A s a n d l o n g n o n c o d i n g R N A s ( l n c R N A s ) i n d i s e a s e s ( i n c l u d i n g d i a g n o s i s / t h e r a p y ) . G I C ( G e n e I m p o r t a n c e C a l c u l a t o r ) i s a t o o l t o p r e d i c t t h e e s s e n t i a l i t y o r i m p o r t a n c e o f p r o t e i n c o d i n g g e n e s a n d l n c R N A s w i t h m a c h i n e l e a r n i n g a n d s e q u e n c e f e a t u r e s . M o r e o v e r , w e s h o w e d t h a t G I C s c o r e c a n b e u s e d t o i d e n t i f y c a n d i d a t e g e n e s / l n c R N A s f r o m t r a n s c r i p t o m e d a t a , t o d i s c o v e r h o t s p o t g e n e s / l n c R N A s , a n d d i s s e c t t h e g e n e s / l n c R N A s w i t h c r o s s s p e c i e s d i f f e r e n c e i n e s s e n t i a l i t y e t c ( F r o n t i e r s i n G e n e t i c s B i o i n f o r m a t i c s a n d C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y 2 0 1 8 ) . S e x B i a s e d D r u g R e s o u r c e t y p e : A j a v a b a s e d s o f t w a r e , n o f r e e r e l e a s e . D e s c r i p t i o n : T r e m e n d o u s d i f f e r e n c e s b e t w e e n h u m a n s e x e s a r e u n i v e r s a l l y o b s e r v e d . T h e r e f o r e , i d e n t i f y i n g a n d a n a l y z i n g t h e s e x b i a s e d g e n e s a r e b e c o m i n g b a s i c a l l y i m p o r t a n t f o r u n c o v e r i n g t h e m y s t e r y o f s e x d i f f e r e n c e s a n d p e r s o n a l i z e d m e d i c i n e . H o w e v e r , s c i e n t i s t s d o n o t p a y m u c h a t t e n t i o n o n t h e p r o b l e m o f s e x d i f f e r e n c e i n m e d i c i n e . T o a d d r e s s t h i s i s s u e , w e p r e v i o u s l y p r o p o s e d c o m p u t a t i o n a l m e t h o d s t o i d e n t i f y s e x b a s e d g e n e s ( m R N A s ) ( B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 1 8 ) a n d m i R N A s ( G e n o m i c s , P r o t e o m i c s , a n d B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 8 ) f r o m p u b l i c g e n e e x p r e s s i o n d a t a . I n a d d i t i o n , a n u m b e r o f i n t e r e s t i n g p a t t e r n s a n d r u l e s w e r e f o u n d f o r t h e s e s e x b i a s e d m R N A s a n d m i R N A s b y d a t a m i n i n g a n d a n a l y s i s . M o r e o v e r , w e f u r t h e r p r o p o s e d a c o m p u t a t i o n a l m e t h o d a n d d e v e l o p e d a J A V A b a s e d c o m p u t e r p r o g r a m , S e x B i a s e d D r u g , f o r t h e l a r g e s c a l e p r e d i c t i o n o f s e x b i a s e d r e s p o n s i v e d r u g s o n o n e g i v e n o r g a n / t i s s u e , e . g . h e a r t , v a s c u l a r , l i v e r , e t c ( J o u r n a l o f T r a n s l a t i o n a l M e d i c i n e 2 0 1 8 ) . F o r p e o p l e w h o a r e i n t e r e s t e d i n t h i s m e t h o d a n d s o f t w a r e , p l e a s e c o n t a c t D r . Q i n g h u a C u i . M I S I M v 2 . 0 R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : M I S I M v 2 . 0 i s a n u p d a t e d w e b s e r v e r . I t i m p r o v e d t h e o r i g i n a l M I S I M a l g o r i t h m b y i m p l e m e n t i n g b o t h p o s i t i v e a n d n e g a t i v e m i R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s , w h i c h s u g g e s t s M I S I M v 2 . 0 s c o r e s c o u l d b e p o s i t i v e o r n e g a t i v e . M o r e o v e r , M I S I M v 2 . 0 a c h i e v e d a n a l g o r i t h m f o r n o v e l m i R N A d i s e a s e p r e d i c t i o n b a s e d o n M I S I M v 2 . 0 s c o r e s . I n a d d i t i o n , M I S I M v 2 . 0 p r o v i d e d n e t w o r k v i s u a l i z a t i o n a n d f u n c t i o n a l e n r i c h m e n t a n a l y s i s f o r f u n c t i o n a l l y p a i r e d m i R N A s . ( N u c l e i c A c i d s R e s 2 0 1 9 ) . M I C ( m i c r o R N A I m p o r t a n c e C a l c u l a t o r ) R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : M I C i s a t o o l t o p r e d i c t t h e i m p o r t a n c e o f h u m a n m i R N A s w i t h m a c h i n e l e a r n i n g a n d s e q u e n c e f e a t u r e s . M I C s c o r e c a n b e u s e d t o i d e n t i f y c a n d i d a t e m i R N A s f r o m m i R N A t r a n s c r i p t o m e t o d i s c o v e r h o t s p o t m i R N A s . M o r e o v e r , M I C c a n e s t i m a t e h o w s i n g l e n u c l e o t i d e m u t a n t s a f f e c t t h e i m p o r t a n c e o f m i R N A s , a n d d i s s e c t t h e m i R N A s w i t h c r o s s s p e c i e s d i f f e r e n c e i n i m p o r t a n c e . ( A d v a n c e d T h e o r y a n d S i m u l a t i o n 2 0 1 9 ) . P A C E S R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : P A C E S i s a t o o l t o p r e d i c t N 4 a c e t y l c y t i d i n e ( a c 4 C ) m o d i f i c a t i o n s i t e s o n t h e m R N A s e q u e n c e s ( S C I E N T I F I C R E P O R T S 2 0 1 9 ) . M D C A P R e s o u r c e t y p e : D o w n l o a d a b l e p y t h o n s o u r c e c o d e . D e s c r i p t i o n : T h e M D C A P i s a c o m p u t i n a l m o d e l f o r p r e d i c t i n g n o v e l c a u s a l m i R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . M D C A P w o u l d c a l c u l a t e a s c o r e f o r a l l p o t e n t i a l c a u s a l m i R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . W i t h t h e s c o r e , u s e r s c o u l d i d e n t i f y m o s t p o t e n t i a l c a u s a l m i R N A s f o r a g i v e n d i s e a s e o r n e w c a u s a l a s s o c i a t e d d i s e a s e o f a m i R N A . ( G a o e t a l . F r o n t i e r s i n G e n e t i c s 2 0 1 9 ) . S D I ( S u b c e l l u l a r D i v e r s i t y I n d e x ) D a t a b a s e R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : A s u b c e l l u l a r d i v e r s i t y i n d e x ( S D I ) w a s i n t r o d u c e d t o m e a s u r e t h e s u b c e l l u l a r d i v e r s i t y o f g e n e s f o r e i g h t s p e c i e s , a n d t h e S D I s h o w s i t s a b i l i t y i n p r e d i c t i n g e s s e n t i a l g e n e s a n d d r u g t a r g e t s ( J i a e t a l . , F r o n t i e r s i n G e n e t i c s 2 0 2 0 ) . U s e r s c a n q u e r y a n d d o w n l o a d S D I r e l a t e d r e s u l t s a n d s o u r c e c o d e f o r c a l c u l a t i n g S D I v i a t h i s d a t a b a s e . D C H D ( D i a b e t i c C o r o n a r y H e a r t D i s e a s e ) R i s k P r e d i c t i o n R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : D C H D R i s k P r e d i c t i o n i s a n o n l i n e t o o l t o p r e d i c t t h e r i s k o f c o r o n a r y h e a r t d i s e a s e a s a c o m p l i c a t i o n o f t y p e 2 d i a b e t e s m e l l i t u s . T h i s t o o l u s e o n l y 8 b a s i c i n d i c a t o r s t o p r e d i c t t h e r i s k p r o b a b i l i t y a n d i t p r o v i d e s a c o n t r i b u t i o n m e t h o d o f a n a l y s i n g t h e r i s k c o n t r i b u t i o n s o f g i v e n p a t i e n t ( S C I E N T I F I C R E P O R T S 2 0 2 0 ) . s m O R F u n c t i o n R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e a n d s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : A t o o l f o r s m a l l o p e n r e a d i n g f r a m e ( s m O R F ) a n d m i c r o p r o t e i n f u n c t i o n p r e d i c t i o n , w h i c h p r o v i d e s f u n c t i o n p r e d i c t i o n s f o r 5 2 6 , 4 4 3 s m O R F s i n a t m o s t 2 6 5 m o d e l s , 4 8 t i s s u e s / c e l l s , a n d 8 2 d i s e a s e s ( a n d n o r m a l ) ( J i e t a l . B M C B i o i n f o r m a t i c s 2 0 2 0 ) . t R F T a r R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e a n d s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : t R N A d e r i v e d f r a g m e n t ( t R F ) i s a n o v e l c l a s s o f r e g u l a t o r y s m a l l n o n c o d i n g R N A s c l e a v e d f r o m m a t u r e t R N A s . R e c e n t e v i d e n c e h a s r e v e a l e d t h a t t R F s c a n b e l o a d e d o n t o A r g o n a u t e ( A G O ) f a m i l y p r o t e i n s t o p e r f o r m p o s t t r a n s c r i p t i o n a l r e g u l a t i o n s v i a s u b s t a n t i a l t R F t a r g e t g e n e i n t e r a c t i o n s ( T G I s ) . t R F T a r i n c l u d e s 9 2 0 , 6 9 0 p r e d i c t e d T G I s b e t w e e n 1 2 , 1 0 2 t R F s a n d 5 , 6 8 8 t a r g e t g e n e s a n d f u r t h e r p r o v i d e s t w o m a i n f u n c t i o n s , n a m e l y c u s t o m i z e d T G I s e a r c h a n d t R F f u n c t i o n a l e n r i c h m e n t a n a l y s i s . F D S ( F u n c t i o n a l D i v e r g e n c e S c o r e o f o r t h o l o g o u s g e n e ) R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : F D S i s a t o o l t o m e a s u r e t h e f u n c t i o n a l d i v e r g e n c e o f h u m a n a n d m o u s e o r t h o l o g o u s g e n e s i n t h e c o n t e x t o f m i R N A r e g u l a t i o n . F D S a l s o p r o v i d e s t h e d i v e r g e n t f u n c t i o n s a n d p h e n o t y p e s f o r a h u m a n a n d m o u s e o r t h o l o g o u s g e n e p a i r . M o r e o v e r , F D S c a n e x p l o r e t h e s i m i l a r i t y o f g e n e e x p r e s s i o n p a t t e r n a c r o s s s p e c i e s a n d e v a l u a t e t h e p o s s i b i l i t y o f d r u g g a b l e g e n e s . ( B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 2 0 2 1 ) . W E A T ( W e i g h t e d E n r i c h m e n t A n a l y s i s T o o l s ) R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : T h e w e i g h t e d e n r i c h m e n t a n a l y s i s m e t h o d c a n o v e r c o m e t h e i s s u e o f t r e a t i n g e v e r y g e n e e q u a l l y t o t h e c o n v e n t i o n a l m e t h o d . W E A T i s a w e b i m p l e m e n t a t i o n o f t h e w e i g h t e d e n r i c h m e n t a n a l y s i s m e t h o d . W E A T n o t o n l y p r o v i d e s m u l t i p l e g e n e e s s e n t i a l i t y s c o r e s f o r b o t h s i n g l e a n d t w o g e n e l i s t ( s ) e n r i c h m e n t a n a l y s i s b u t a l s o c a n v i s u a l i z e t h e r e s u l t s f o r p u b l i c a t i o n . ( B i o i n f o r m a t i c s 2 0 2 1 ) . C o V I S R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : T h e C O V I D 1 9 p a n d e m i c h a s l a s t e d f o r n e a r l y 3 y e a r s , w h i c h s t i l l m i g h t t h r e a t e n p u b l i c h e a l t h a n d t h e r e f o r e n e e d s a l o n g t e r m m o n i t o r i n g . C o V I S i s a n o n l i n e t o o l f o r c a l c u l a t i n g t h e i m p o r t a n c e s c o r e s o f S A R S C o V 2 v a r i a n t s a n d m o n i t o r i n g t h e t e n d e n c y o f d e a t h r i s k o f C O V I D 1 9 . ( C e l l D e a t h D i s c o v e r y 2 0 2 2 ) . G S G P ( G e n e S o m a t i c G e n o m e P a t t e r n ) R e s o u r c e t y p e : S t a n d a l o n e s o f t w a r e a n d W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : G S G P i s a n a l g o r i t h m f o r e v a l u a t i n g t h e c o n t r i b u t i o n s o f g e n e s t o t h e s o m a t i c s i n g l e b a s e s u b s t i t u t i o n ( S B S ) s i g n a t u r e s . I n a d d i t i o n t o e x p l o r i n g t h e c a n c e r a e t i o l o g y a t t h e s a m p l e l e v e l , t h e G S G P c a n b e u s e d f o r d i g g i n g d e e p e r t o e x p l o r e w h i c h a n d h o w m u c h t h e a e t i o l o g i e s a f f e c t t h e g e n e s ( o r w h i c h a n d h o w m u c h t h e g e n e s a r e a f f e c t e d b y t h e a e t i o l o g i e s ) ( J i e t a l . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 2 0 2 3 ) . B I C ( B a s e I m p o r t a n c e C a l c u l a t o r ) R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : A s t h e f u n d a m e n t a l u n i t o f a g e n e a n d i t s t r a n s c r i p t s , n u c l e o t i d e s h a v e e n o r m o u s i m p a c t s o n t h e g e n e f u n c t i o n a n d e v o l u t i o n , a n d t h u s o n p h e n o t y p e s a n d d i s e a s e s . I n o r d e r t o i d e n t i f y t h e k e y n u c l e o t i d e s o f o n e s p e c i f i c g e n e , i t i s q u i t e c r u c i a l t o q u a n t i t a t i v e l y m e a s u r e t h e i m p o r t a n c e o f e a c h b a s e o n t h e g e n e . B I C ( B a s e I m p o r t a n c e C a l c u l a t o r ) i s a n a l g o r i t h m t o c a l c u l a t e t h e i m p o r t a n c e s c o r e o f e a c h s i n g l e b a s e b a s e d o n s e q u e n c e i n f o r m a t i o n o f h u m a n m R N A s a n d l o n g n o n c o d i n g R N A s ( l n c R N A s ) . W e f u r t h e r r e v e a l e d t h a t B I C c a n e f f e c t i v e l y e v a l u a t e t h e p a t h o g e n i c i t y o f b o t h g e n e s a n d s i n g l e b a s e s , t h e p r o g n o s i s o f s o m e c a n c e r s , a n d t h e t r a n s m i s s i b i l i t y o f S A R S C o V 2 . ( B r i e f i n g i n B i o i n f o r m a t i c s 2 0 2 3 ) . H M D D R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e . D e s c r i p t i o n : H u m a n M i c r o R N A D i s e a s e D a t a b a s e ( H M D D ) i s a d a t a b a s e t h a t c o n t a i n s t h e e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d m i R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n d a t a , w h i c h a r e m a n u a l l y c u r a t e d f r o m p u b l i c a t i o n s . T h e d y s f u n c t i o n e v i d e n c e o r m i R N A s a n d l i t e r a t u r e P u b M e d I D a r e a l s o g i v e n . T h e f i r s t v e r s i o n o f H M D D w a s r e l e a s e d o n D e c e m b e r 2 0 0 7 ( L u e t a l . , P L o S o n e 2 0 0 8 ) . O n J u n e 2 0 , 2 0 1 3 , H M D D v 2 . 0 w a s r e l e a s e d . O n J u n e 2 8 , 2 0 1 8 , H M D D v 3 . 0 w a s r e l e a s e d . O n J u n e 2 0 2 3 , H M D D v 4 . 0 w a s r e l e a s e d . T r a n s m i R R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e . D e s c r i p t i o n : T r a n s m i R i n t e g r a t e d t h e e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d t r a n s c r i p t i o n f a c t o r a n d m i R N A r e g u l a t o r y r e l a t i o n s ( W a n g e t a l . , N A R 2 0 1 0 ) . O n M a y , 2 0 1 8 , T r a n s m i R v 2 . 0 w a s r e l e a s e d . m i R E n v i r o n m e n t R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e a n d s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : m i R E n v i r o n m e n t i n t e g r a t e d t h e e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d i n t e r a c t i o n s o f m i R N A a n d e n v i r o n m e n t a l f a c t o r s i n c l u d i n g d r u g s . P h e n o t y p e s a r e a l s o c u r a t e d . C u r r e n t l y , t w o t o o l s t h a t c a n p r e d i c t t h e t h e r a p y o u t c o m e o f c a n c e r t r e a t m e n t a n d p r e d i c t e n v i r o n m e n t a l f a c t o r d i s e a s e r e l a t i o n s h i p s a r e a l s o i n t e g r a t e d ( Y a n g e t a l . , B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 1 ) . L n c R N A D i s e a s e R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e a n d s o f t w a r e . D e s c r i p t i o n : L n c R N A D i s e a s e i s a d a t a b a s e t h a t i n t e g r a t e d e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d l o n g n o n c o d i n g R N A ( l n c R N A ) a n d d i s e a s e a s s o c i a t i o n s , a n d l n c R N A i n t e r a c t i o n s . L n c R N A D i s e a s e i s a l s o a s o f t w a r e p l a t f o r m t h a t i n t e g r a t e d t o o l s f o r p r e d i c t i o n n o v e l r e l a t i o n s h i p b e t w e e n l n c R N A s a n d d i s e a s e s ( C h e n e t a l . , N A R 2 0 1 3 ) . O n J u n e 2 0 1 8 , L n c R N A D i s e a s e 2 . 0 w a s r e l e a s e d . O n J u n e 2 0 2 3 , L n c R N A D i s e a s e 3 . 0 w a s r e l e a s e d . H M D A D R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e . D e s c r i p t i o n : T h e H u m a n M i c r o b e D i s e a s e A s s o c i a t i o n D a t a b a s e ( H M D A D ) i s a r e s o u r c e w h i c h c o l l e c t e d a n d c u r a t e d t h e h u m a n m i c r o b e d i s e a s e a s s o c i a t i o n d a t a f r o m m i c r o b i o t a s t u d i e s ( M a e t a l . , B r i e f B i o i n f o r m 2 0 1 6 ) . A G D R e s o u r c e t y p e : W e b q u e r y d r i v e n d a t a b a s e . D e s c r i p t i o n : A G D ( A n e u r y s m G e n e D a t a b a s e ) i s a d a t a b a s e t h a t c o l l e c t e d g e n e s w h i c h a r e a r t i c l e s u p p o r t e d t o b e a s s o c i a t e d w i t h a n e u r y s m i n h u m a n , r a t a n d m o u s e . ( S u n e t a l . , D a t a b a s e 2 0 1 8 ) . T F m i R N A t a r g e t r e g u l a t o r y n e t w o r k R e s o u r c e t y p e : D o w n l o a d a b l e d a t a i n t x t f o r m a t D e s c r i p t i o n : N o e l e m e n t s a r e i s o l a t e d b u t i n t e r a c t w i t h e a c h o t h e r t o f o r m c o m p l e x n e t w o r k s . F o r g e n e r e g u l a t i o n , t h e r e e x i s t s e v e r a l r e g u l a t o r y r e l a t i o n s h i p s , t h e y a r e t r a n s c r i p t i o n f a c t o r s ( T F s ) g e n e s , T F m i R N A s , a n d m i R N A g e n e s . T h i s n e t w o r k i n t e g r a t e d c u r r e n t l y a v a i l a b l e a n d e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d g e n e r e g u l a t o r y r e l a t i o n s a n d r e p r e s e n t s t h e f i r s t T F m i R N A t a r g e t n e t w o r k , w h i c h i s a p o t e n t i a l l y v a l u a b l e p l a t f o r m i n b i o l o g i c a l a n d m e d i c a l s c i e n c e s ( Q i u e t a l . , B M C S y s t e m s B i o l o g y 2 0 1 0 ) . H u m a n m i c r o R N A o n c o g e n e s a n d t u m o r s u p p r e s s o r s R e s o u r c e t y p e : D o w n l o a d a b l e d a t a D e s c r i p t i o n : W e c u r a t e d h u m a n m i c r o R N A o n c o g e n e s a n d t u m o r s u p p r e s s o r s , a n d t h e i r a n n o t a t i o n d a t a ( W a n g e t a l . , P L o S O N E 2 0 1 0 ) . m i c r o R N A p r o f i l i n g i n v a r i o u s c e l l s R e s o u r c e t y p e : D o w n l o a d a b l e d a t a D e s c r i p t i o n : W e g e n e r a t e d m i R N A e x p r e s s i o n p r o f i l e s i n a n u m b e r o f c e l l s ( L i e t a l . , B i o m e d R e s I n t e r n a t i o n a l 2 0 1 3 ) . S h e n Y , G a o Y , S h i J , H u a n g Z , D a i R , F u Y , Z h o u Y , K o n g W , C u i Q . M i c r o R N A D i s e a s e N e t w o r k A n a l y s i s R e p u r p o s e s M e t h o t r e x a t e f o r t h e T r e a t m e n t o f A b d o m i n a l A o r t i c A n e u r y s m i n M i c e . G e n o m i c s P r o t e o m i c s B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 2 2 A u g 2 4 : S 1 6 7 2 0 2 2 9 ( 2 2 ) 0 0 0 9 5 X . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 2 2 . 0 8 . 0 0 2 . C u i C , C u i Q . I m p o r t a n c e s c o r e o f S A R S C o V 2 g e n o m e p r e d i c t s t h e d e a t h r i s k o f C O V I D 1 9 . C e l l D e a t h D i s c o v . 2 0 2 2 J u l 2 ; 8 ( 1 ) : 3 0 3 . L i u X , C h e n Z , L i S , J i n L , C u i X , C u i C , D e n g Y , G a o Q , F a n L , N i u Y , W a n g W , C u i C , Z h o n g J , C u i Q , G e n g B , C a i J . P r e m i R N A H s a L e t 7 a 2 : a N o v e l I n t r a c e l l u l a r P a r t n e r o f A n g i o t e n s i n I I T y p e 2 R e c e p t o r N e g a t i v e l y R e g u l a t i n g i t s S i g n a l s . I n t J B i o l S c i . 2 0 2 2 M a y 1 ; 1 8 ( 8 ) : 3 2 3 7 3 2 5 0 . X u W , C u i C , C u i C , C h e n Z , Z h a n g H , C u i Q , X u G , F a n J , H a n Y , T a n g L , T a r g h e r G , B y r n e C D , Z h e n g M H , Y a n g L , C a i J , G e n g B . H e p a t o c e l l u l a r c y s t a t h i o n i n e γ l y a s e / h y d r o g e n s u l f i d e a t t e n u a t e s n o n a l c o h o l i c f a t t y l i v e r d i s e a s e b y a c t i v a t i n g f a r n e s o i d X r e c e p t o r . H e p a t o l o g y . 2 0 2 2 M a y 1 9 . d o i : 1 0 . 1 0 0 2 / h e p . 3 2 5 7 7 . J i a Y , Z h a n g L , L i u Z , M a o C , M a Z , L i W , Y u F , W a n g Y , H u a n g Y , Z h a n g W , Z h e n g J , W a n g X , X u Q , Z h a n g J , F e n g W , Y u n C , L i u C , S u n J , F u Y , C u i Q , K o n g W . T a r g e t i n g m a c r o p h a g e T F E B 1 4 3 3 e p s i l o n I n t e r f a c e b y n a r i n g e n i n i n h i b i t s a b d o m i n a l a o r t i c a n e u r y s m . C e l l D i s c o v . 2 0 2 2 M a r 1 ; 8 ( 1 ) : 2 1 . S u n R , Z h o u Y , C u i Q . C o m p a r a t i v e a n a l y s i s o f a n e u r y s m s u b t y p e s a s s o c i a t e d g e n e s b a s e d o n p r o t e i n p r o t e i n i n t e r a c t i o n n e t w o r k . B M C B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 2 1 D e c 1 1 ; 2 2 ( 1 ) : 5 8 7 . H u C , S h i J , C h i Y , Y a n g J , C u i Q . Y / X C h r o m o s o m e B e a r i n g S p e r m S h o w s E l e v a t e d R a t i o i n t h e L e f t b u t N o t t h e R i g h t T e s t e s i n H e a l t h y M i c e . L i f e ( B a s e l ) . 2 0 2 1 N o v 1 1 ; 1 1 ( 1 1 ) : 1 2 1 9 . Z h a o C R , Y a n g F F , C u i Q , W a n g D , Z h o u Y , L i Y S , Z h a n g Y P , T a n g R Z , Y a o W J , W a n g X , P a n g W , Z h a o J N , J i a n g Z T , Z h u J J , C h i e n S , Z h o u J . V i t e x i n i n h i b i t s A P E X 1 t o c o u n t e r a c t t h e f l o w i n d u c e d e n d o t h e l i a l i n f l a m m a t i o n . P r o c N a t l A c a d S c i U S A . 2 0 2 1 N o v 3 0 ; 1 1 8 ( 4 8 ) : e 2 1 1 5 1 5 8 1 1 8 . Z h a n g S , L i u Z , X i e N , H u a n g C , L i Z , Y u F , F u Y , C u i Q , K o n g W . P a n H D A C ( H i s t o n e D e a c e t y l a s e ) I n h i b i t o r s I n c r e a s e S u s c e p t i b i l i t y o f T h o r a c i c A o r t i c A n e u r y s m a n d D i s s e c t i o n i n M i c e . A r t e r i o s c l e r T h r o m b V a s c B i o l . 2 0 2 1 N o v ; 4 1 ( 1 1 ) : 2 8 4 8 2 8 5 0 . M a o C , M a Z , J i a Y , L i W , X i e N , Z h a o G , M a B , Y u F , S u n J , Z h o u Y , C u i Q , F u Y , K o n g W . N i d o g e n 2 M a i n t a i n s t h e C o n t r a c t i l e P h e n o t y p e o f V a s c u l a r S m o o t h M u s c l e C e l l s a n d P r e v e n t s N e o i n t i m a F o r m a t i o n v i a B r i d g i n g J a g g e d 1 N o t c h 3 S i g n a l i n g . C i r c u l a t i o n . 2 0 2 1 J u l 2 8 . d o i : 1 0 . 1 1 6 1 / C I R C U L A T I O N A H A . 1 2 0 . 0 5 3 3 6 1 . C u i C , Z h o u Y , C u i Q . D e f i n i n g t h e f u n c t i o n a l d i v e r g e n c e o f o r t h o l o g o u s g e n e s b e t w e e n h u m a n a n d m o u s e i n t h e c o n t e x t o f m i R N A r e g u l a t i o n . B r i e f B i o i n f o r m . 2 0 2 1 J u l 5 : b b a b 2 5 3 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b a b 2 5 3 . F a n R , C u i Q . T o w a r d c o m p r e h e n s i v e f u n c t i o n a l a n a l y s i s o f g e n e l i s t s w e i g h t e d b y g e n e e s s e n t i a l i t y s c o r e s . B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 2 1 J u n 2 5 : b t a b 4 7 5 . S u n R , C u i C , Z h o u Y , C u i Q . C o m p r e h e n s i v e A n a l y s i s o f R N A E x p r e s s i o n C o r r e l a t i o n s b e t w e e n B i o f l u i d s a n d H u m a n T i s s u e s . G e n e s ( B a s e l ) . 2 0 2 1 J u n 1 8 ; 1 2 ( 6 ) : 9 3 5 . Y a n g Y , M a Q , L i Z , W a n g H , Z h a n g C , L i u Y , L i B , W a n g Y , C u i Q , X u e F , A i D , Z h u Y , H e J . H a r m i n e a l l e v i a t e s a t h e r o g e n e s i s b y i n h i b i t i n g d i s t u r b e d f l o w m e d i a t e d e n d o t h e l i a l a c t i v a t i o n v i a p r o t e i n t y r o s i n e p h o s p h a t a s e P T P N 1 4 a n d Y A P . B r J P h a r m a c o l . 2 0 2 1 A p r ; 1 7 8 ( 7 ) : 1 5 2 4 1 5 4 0 . Z h u M , G a o J , L i n X J , G o n g Y Y , Q i Y C , M a Y L , S o n g Y X , T a n W , L i F Y , Y e M , G o n g J , C u i Q H , H u a n g Z H , Z h a n g Y Y , W a n g X J , L a n F , W a n g S Q , Y u a n G , F e n g Y , X u M . N o v e l r o l e s o f a n i n t r a g e n i c G q u a d r u p l e x i n c o n t r o l l i n g m i c r o R N A e x p r e s s i o n a n d c a r d i a c f u n c t i o n . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 2 1 M a r 1 8 ; 4 9 ( 5 ) : 2 5 2 2 2 5 3 6 . H u a n g C , Z h o u Y , Y a n g J , C u i Q , L i Y . A N e w M e t r i c Q u a n t i f y i n g C h e m i c a l a n d B i o l o g i c a l P r o p e r t y o f S m a l l M o l e c u l e M e t a b o l i t e s a n d D r u g s . F r o n t M o l B i o s c i . 2 0 2 0 D e c 1 5 ; 7 : 5 9 4 8 0 0 . X u X , Z h o u Y , F e n g X , L i X , A s a d M , L i D , L i a o B , L i J , C u i Q , W a n g E . G e r m l i n e g e n o m i c p a t t e r n s a r e a s s o c i a t e d w i t h c a n c e r r i s k , o n c o g e n i c p a t h w a y s , a n d c l i n i c a l o u t c o m e s . S c i A d v . 2 0 2 0 N o v 2 7 ; 6 ( 4 8 ) : e a b a 4 9 0 5 . J i X , C u i C , C u i Q . s m O R F u n c t i o n : a t o o l f o r p r e d i c t i n g f u n c t i o n s o f s m a l l o p e n r e a d i n g f r a m e s a n d m i c r o p r o t e i n s . B M C B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 2 0 O c t 1 4 ; 2 1 ( 1 ) : 4 5 5 . Z h o u Y , P e n g H , C u i Q , Z h o u Y . t R F T a r : P r e d i c t i o n o f t R F t a r g e t g e n e i n t e r a c t i o n s v i a s y s t e m i c r e a n a l y s i s o f A r g o n a u t e C L I P s e q d a t a s e t s . M e t h o d s . 2 0 2 0 O c t 9 : S 1 0 4 6 2 0 2 3 ( 2 0 ) 3 0 2 2 0 6 . F a n H , Z h a n g Y , Z h a n g J , Y a o Q , S o n g Y , S h e n Q , L i n J , G a o Y , W a n g X , Z h a n g L , Z h a n g Y , L i u P , Z h a o J , C u i Q , L i J Z , C h a n g Y . C o l d I n d u c i b l e K l f 9 R e g u l a t e s T h e r m o g e n e s i s o f B r o w n a n d B e i g e F a t . D i a b e t e s . 2 0 2 0 D e c ; 6 9 ( 1 2 ) : 2 6 0 3 2 6 1 8 . C u i C , F a n J , Z e n g Q , C a i J , C h e n Y , C h e n Z , W a n g W , L i S Y , C u i Q , Y a n g J , T a n g C , X u G , C a i J , G e n g B . C D 4 + T C e l l E n d o g e n o u s C y s t a t h i o n i n e γ L y a s e H y d r o g e n S u l f i d e A t t e n u a t e s H y p e r t e n s i o n b y S u l f h y d r a t i n g L i v e r K i n a s e B 1 t o P r o m o t e T R e g u l a t o r y C e l l D i f f e r e n t i a t i o n a n d P r o l i f e r a t i o n . C i r c u l a t i o n . 2 0 2 0 N o v 3 ; 1 4 2 ( 1 8 ) : 1 7 5 2 1 7 6 9 . F a n R , Z h a n g N , Y a n g L , K e J , Z h a o D , C u i Q . A I b a s e d p r e d i c t i o n f o r t h e r i s k o f c o r o n a r y h e a r t d i s e a s e a m o n g p a t i e n t s w i t h t y p e 2 d i a b e t e s m e l l i t u s . S c i R e p . 2 0 2 0 S e p 2 ; 1 0 ( 1 ) : 1 4 4 5 7 . J i X , Z h a n g H , C u i Q . A P a n e l o f S y n a p s e R e l a t e d G e n e s a s a B i o m a r k e r f o r G l i o m a s . F r o n t N e u r o s c i . 2 0 2 0 A u g 1 1 ; 1 4 : 8 2 2 . d o i : 1 0 . 3 3 8 9 / f n i n s . 2 0 2 0 . 0 0 8 2 2 . S h i J , H u C , Z h o u Y , C u i C , Y a n g J , C u i Q . M i c r o R N A P r o f i l i n g i n P a i r e d L e f t a n d R i g h t E y e s , L u n g s , a n d T e s t e s o f N o r m a l M i c e . M o l T h e r N u c l e i c A c i d s . 2 0 2 0 J u l 1 0 ; 2 1 : 6 8 7 6 9 5 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . o m t n . 2 0 2 0 . 0 7 . 0 0 6 . C u i C , H u a n g C , Z h o u W , J i X , Z h a n g F , W a n g L , Z h o u Y , C u i Q . A G T R 2 , o n e p o s s i b l e n o v e l k e y g e n e f o r t h e e n t r y o f S A R S C o V 2 i n t o h u m a n c e l l s . I E E E / A C M T r a n s C o m p u t B i o l B i o i n f o r m . 2 0 2 0 J u l 1 4 ; P P . d o i : 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 2 0 . 3 0 0 9 0 9 9 . O n l i n e a h e a d o f p r i n t . S h i J , C u i Q . s T A M : A n O n l i n e T o o l f o r t h e D i s c o v e r y o f m i R N A S e t L e v e l D i s e a s e B i o m a r k e r s . M o l T h e r N u c l e i c A c i d s . 2 0 2 0 J u l 1 0 ; 2 1 : 6 7 0 6 7 5 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . o m t n . 2 0 2 0 . 0 7 . 0 0 4 . Y a n g X , D u X , M a K , L i G , L i u Z , R o n g W , M i a o H , Z h u F , C u i Q , W u S , L i Y , D u J . C i r c u l a t i n g m i R N A s R e l a t e d t o L o n g t e r m A d v e r s e C a r d i o v a s c u l a r E v e n t s i n S T E M I P a t i e n t s : A N e s t e d C a s e C o n t r o l S t u d y . C a n J C a r d i o l . 2 0 2 0 M a r 2 0 : S 0 8 2 8 2 8 2 X ( 2 0 ) 3 0 2 7 3 7 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . c j c a . 2 0 2 0 . 0 3 . 0 1 8 . O n l i n e a h e a d o f p r i n t . W a n g H , Z h o u Y , Y i n Z , C h e n L , J i n L , C u i Q , X u e L . T r a n s c r i p t o m e a n a l y s i s o f c o m m o n a n d d i v e r g e d c i r c u l a t i n g m i R N A s b e t w e e n a r t e r i a l a n d v e n o u s d u r i n g a g i n g . A g i n g ( A l b a n y N Y ) . 2 0 2 0 J u n 3 0 ; 1 2 ( 1 3 ) : 1 2 9 8 7 1 3 0 0 4 . d o i : 1 0 . 1 8 6 3 2 / a g i n g . 1 0 3 3 8 5 . M e n g Y , X i a n g R , Y a n H , Z h o u Y , H u Y , Y a n g J , Z h o u Y , C u i Q . T r a n s c r i p t o m i c l a n d s c a p e p r o f i l i n g o f m e t f o r m i n t r e a t e d h e a l t h y m i c e : I m p l i c a t i o n f o r p o t e n t i a l h y p e r t e n s i o n r i s k w h e n p r o p h y l a c t i c a l l y u s e d . J C e l l M o l M e d . 2 0 2 0 J u n 1 1 ; 2 4 ( 1 4 ) : 8 1 3 8 5 0 . d o i : 1 0 . 1 1 1 1 / j c m m . 1 5 4 7 2 . J i X , C u i Q . A n c i e n t g e n e s c a n b e s e r v e d a s p a n c a n c e r d i a g n o s t i c a n d p r o g n o s t i c b i o m a r k e r s . J C e l l M o l M e d . 2 0 2 0 J u n ; 2 4 ( 1 2 ) : 6 9 0 8 6 9 1 5 . d o i : 1 0 . 1 1 1 1 / j c m m . 1 5 3 4 7 . C h e n Z , L i u X , L u o Y , W a n g J , M e n g Y , S u n L , C h a n g Y , C u i Q , Y a n g J . R e p u r p o s i n g D o x e p i n t o A m e l i o r a t e S t e a t o s i s a n d H y p e r g l y c e m i a b y A c t i v a t i n g F A M 3 A S i g n a l i n g P a t h w a y . D i a b e t e s . 2 0 2 0 J u n ; 6 9 ( 6 ) : 1 1 2 6 1 1 3 9 . d o i : 1 0 . 2 3 3 7 / d b 1 9 1 0 3 8 . X i a n g R , C h e n J , L i S , Y a n H , M e n g Y , C a i J , C u i Q , Y a n g Y , X u M , G e n g B , Y a n g J . V S M C S p e c i f i c D e l e t i o n o f F A M 3 A A t t e n u a t e d A n g I I P r o m o t e d H y p e r t e n s i o n a n d C a r d i o v a s c u l a r H y p e r t r o p h y . C i r c R e s . 2 0 2 0 J u n 5 ; 1 2 6 ( 1 2 ) : 1 7 4 6 1 7 5 9 . d o i : 1 0 . 1 1 6 1 / C I R C R E S A H A . 1 1 9 . 3 1 5 5 5 8 . C u i C , C u i Q . T h e r e l a t i o n s h i p o f h u m a n t i s s u e m i c r o R N A s w i t h t h o s e f r o m b o d y f l u i d s . S c i R e p . 2 0 2 0 M a r 2 7 ; 1 0 ( 1 ) : 5 6 4 4 . d o i : 1 0 . 1 0 3 8 / s 4 1 5 9 8 0 2 0 6 2 5 3 4 6 . J i a K , Z h o u Y , C u i Q . Q u a n t i f y i n g G e n e E s s e n t i a l i t y B a s e d o n t h e C o n t e x t o f C e l l u l a r C o m p o n e n t s . F r o n t G e n e t . 2 0 2 0 J a n 2 1 ; 1 0 : 1 3 4 2 . d o i : 1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 9 . 0 1 3 4 2 . L i J , H u a n g Y , C u i Q , Z h o u Y . m 6 A c o r r : a n o n l i n e t o o l f o r t h e c o r r e c t i o n a n d c o m p a r i s o n o f m 6 A m e t h y l a t i o n p r o f i l e s . B M C B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 2 0 J a n 2 9 ; 2 1 ( 1 ) : 3 1 . d o i : 1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 8 5 9 0 2 0 3 3 8 0 6 . J i a K , G a o Y , S h i J , Z h o u Y , Z h o u Y , C u i Q . A n n o t a t i o n a n d c u r a t i o n o f t h e c a u s a l i t y i n f o r m a t i o n i n L n c R N A D i s e a s e . D a t a b a s e ( O x f o r d ) . 2 0 2 0 J a n 1 ; 2 0 2 0 : b a z 1 5 0 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a z 1 5 0 . H u a n g Z , L i u L , G a o Y , S h i J , C u i Q , L i J , Z h o u Y . B e n c h m a r k o f c o m p u t a t i o n a l m e t h o d s f o r p r e d i c t i n g m i c r o R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . G e n o m e B i o l . 2 0 1 9 O c t 8 ; 2 0 ( 1 ) : 2 0 2 . G a o Y , J i a K , S h i J , Z h o u Y , C u i Q . A c o m p u t a t i o n a l m o d e l t o p r e d i c t t h e c a u s a l m i R N A s f o r d i s e a s e s . F r o n t i e r s i n G e n e t i c s 2 0 1 9 , 0 2 O c t o b e r , d o i : 1 0 . 3 3 8 9 / f g e n e . 2 0 1 9 . 0 0 9 3 5 . Z h a o W , Z h o u Y , C u i Q , Z h o u Y . P A C E S : p r e d i c t i o n o f N 4 a c e t y l c y t i d i n e ( a c 4 C ) m o d i f i c a t i o n s i t e s i n m R N A . S c i R e p . 2 0 1 9 J u l 3 1 ; 9 ( 1 ) : 1 1 1 1 2 . d o i : 1 0 . 1 0 3 8 / s 4 1 5 9 8 0 1 9 4 7 5 9 4 7 . C u i C , S h i B , S h i J , Z h o u Y , a n d C u i Q . D e f i n i n g t h e I m p o r t a n c e S c o r e o f H u m a n M i c r o R N A s a n d T h e i r S i n g l e N u c l e o t i d e M u t a n t s U s i n g R a n d o m F o r e s t R e g r e s s i o n a n d S e q u e n c e D a t a . A d v a n c e d T h e o r y a n d S i m u l a t i o n . 2 0 1 9 . d o i : 1 0 . 1 0 0 2 / a d t s . 2 0 1 9 0 0 0 8 3 . Z h a n g J , W a n g J , L i F , Z h u M , W a n g S , C u i Q , Y u a n G , Z h o u J , X u M . N o r m a l e x p r e s s i o n o f K C N J 1 1 i s m a i n t a i n e d b y t h e G q u a d r u p l e x . I n t J B i o l M a c r o m o l . 2 0 1 9 J u l 1 7 ; 1 3 8 : 5 0 4 5 1 0 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . i j b i o m a c . 2 0 1 9 . 0 7 . 0 9 4 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] F a n J , Z h e n g F , L i S , C u i C , J i a n g S , Z h a n g J , C a i J , C u i Q , Y a n g J , T a n g X , X u G , G e n g B . H y d r o g e n s u l f i d e l o w e r s h y p e r h o m o c y s t e i n e m i a d e p e n d e n t o n c y s t a t h i o n i n e γ l y a s e S s u l f h y d r a t i o n i n A p o E k n o c k o u t a t h e r o s c l e r o t i c m i c e . B r J P h a r m a c o l . 2 0 1 9 M a y 2 9 . d o i : 1 0 . 1 1 1 1 / b p h . 1 4 7 1 9 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] Y a n g W , F e n g B , M e n g Y , W a n g J , G e n g B , C u i Q , Z h a n g H , Y a n g Y , Y a n g J . F A M 3 C Y Y 1 a x i s i s e s s e n t i a l f o r T G F β p r o m o t e d p r o l i f e r a t i o n a n d m i g r a t i o n o f h u m a n b r e a s t c a n c e r M D A M B 2 3 1 c e l l s v i a t h e a c t i v a t i o n o f H S F 1 . J C e l l M o l M e d . 2 0 1 9 M a y ; 2 3 ( 5 ) : 3 4 6 4 3 4 7 5 L i J , Z h a n g S , W a n Y , Z h a o Y , S h i J , Z h o u Y , C u i Q . M I S I M v 2 . 0 : a w e b s e r v e r f o r i n f e r r i n g m i c r o R N A f u n c t i o n a l s i m i l a r i t y b a s e d o n m i c r o R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 9 M a y 9 . p i i : g k z 3 2 8 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] C u i A , F a n H , Z h a n g Y , Z h a n g Y , N i u D , L i u S , L i u Q , M a W , S h e n Z , S h e n L , L i u Y , Z h a n g H , X u e Y , C u i Y , W a n g Q , X i a o X , F a n g F , Y a n g J , C u i Q , C h a n g Y . D e x a m e t h a s o n e i n d u c e d K r ü p p e l l i k e f a c t o r 9 e x p r e s s i o n p r o m o t e s h e p a t i c g l u c o n e o g e n e s i s a n d h y p e r g l y c e m i a . J C l i n I n v e s t . 2 0 1 9 A p r 2 9 ; 1 3 0 . p i i : 6 6 0 6 2 . F e n g X , W a n g E , C u i Q . G e n e E x p r e s s i o n B a s e d P r e d i c t i v e M a r k e r s f o r P a c l i t a x e l T r e a t m e n t i n E R + a n d E R B r e a s t C a n c e r . F r o n t G e n e t . 2 0 1 9 M a r 1 ; 1 0 : 1 5 6 . H u a n g Z , S h i J , G a o Y , C u i C , Z h a n g S , L i J , Z h o u Y , a n d C u i Q . H M D D v 3 . 0 : a d a t a b a s e f o r e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d h u m a n m i c r o R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 9 J a n 8 ; 4 7 ( D 1 ) : D 1 0 1 3 D 1 0 1 7 . B a o Z , Y a n g Z , H u a n g Z , Z h o u Y , Z h a o Z , R e n Y , C u i Q , a n d D o n g D . L n c R N A D i s e a s e 2 . 0 : a n u p d a t e d d a t a b a s e o f l o n g n o n c o d i n g R N A a s s o c i a t e d d i s e a s e s . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 9 J a n 8 ; 4 7 ( D 1 ) : D 1 0 3 4 D 1 0 3 7 . T o n g Z , C u i Q , W a n g J , Z h o u Y . T r a n s m i R v 2 . 0 : a n u p d a t e d t r a n s c r i p t i o n f a c t o r m i c r o R N A r e g u l a t i o n d a t a b a s e . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 9 J a n 8 ; 4 7 ( D 1 ) : D 2 5 3 D 2 5 8 . H u a n g Z , S h i J , G a o Y , C u i C , Z h a n g S , L i J , Z h o u Y , a n d C u i Q . H M D D v 3 . 0 : a d a t a b a s e f o r e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d h u m a n m i c r o R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h 2 0 1 8 ( a c c e p t e d ) . S u n X , L v H , Z h a o P , H e J , C u i Q , W e i M , F e n g S , Z h u Y . C o m m u t a t i v e r e g u l a t i o n b e t w e e n e n d o t h e l i a l N O s y n t h a s e a n d i n s u l i n r e c e p t o r s u b s t r a t e 2 b y m i c r o R N A s . J M o l C e l l B i o l . 2 0 1 8 O c t 8 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / j m c b / m j y 0 5 5 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] B a o Z , Y a n g Z , H u a n g Z , Z h o u Y , Z h a o Z , R e n Y , C u i Q , a n d D o n g D . L n c R N A D i s e a s e 2 . 0 : a n u p d a t e d d a t a b a s e o f l o n g n o n c o d i n g R N A a s s o c i a t e d d i s e a s e s . N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h . 2 0 1 8 O c t 4 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k y 9 0 5 . S u n R , C u i C , Z h o u Y , a n d C u i Q . A G D : A n e u r y s m G e n e D a t a b a s e . D A T A B A S E . 2 0 1 8 , 1 6 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / d a t a b a s e / b a y 1 0 0 . C u i C , H u a n g C , L i u K , X u G , Y a n g J , Z h o u Y , F e n g Y , K a r a r i g a s G , G e n g B , a n d C u i Q . L a r g e s c a l e i n s i l i c o i d e n t i f i c a t i o n o f d r u g s e x e r t i n g s e x s p e c i f i c e f f e c t s i n t h e h e a r t . J o u r n a l o f T r a n s l a t i o n a l M e d i c i n e . 2 0 1 8 A u g 2 9 ; 1 6 ( 1 ) : 2 3 6 . Z e n g P , C h e n J , M e n g Y , Z h o u Y , Y a n g J , a n d C u i Q . D e f i n i n g e s s e n t i a l i t y s c o r e o f p r o t e i n c o d i n g g e n e s a n d l o n g n o n c o d i n g R N A s . F r o n t i e r s i n G e n e t i c s . 2 0 1 8 , 9 : 3 8 0 . S o n g F , C u i C , G a o L , a n d C u i Q . m i E S : p r e d i c t i n g t h e e s s e n t i a l i t y o f m i R N A s w i t h m a c h i n e l e a r n i n g a n d s e q u e n c e f e a t u r e s . B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 1 8 A u g 2 8 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t y 7 3 8 . J i a K , C u i C , G a o Y , Z h o u Y , a n d C u i Q . A n a n a l y s i s o f a g i n g r e l a t e d g e n e s d e r i v e d f r o m t h e G e n o t y p e T i s s u e E x p r e s s i o n ( G T E x ) p r o j e c t . C e l l D e a t h D i s c o v e r y . 2 0 1 8 A u g 2 0 ; 5 : 2 6 . Z h e n g F , H a n J , L u H , C u i C , Y a n g J , C u i Q , C a i J , Z h o u Y , T a n g C , X u G , G e n g B . C y s t a t h i o n i n e b e t a s y n t h a s e h y d r o g e n s u l f i d e s y s t e m i n p a r a v e n t r i c u l a r n u c l e u s r e d u c e d h i g h f a t t y d i e t i n d u c e d o b e s i t y a n d i n s u l i n r e s i s t a n c e b y b r a i n a d i p o s e a x i s . B i o c h i m B i o p h y s A c t a . 2 0 1 8 J u l 2 0 . p i i : S 0 9 2 5 4 4 3 9 ( 1 8 ) 3 0 2 5 7 6 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . b b a d i s . 2 0 1 8 . 0 7 . 0 1 4 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] Z h o u Y i r a n , C u i Q , a n d Z h o u Y u a n . N m S E E R : a p r e d i c t i o n t o o l f o r 2 ’ O m e t h y l a t i o n ( N m ) s i t e s b a s e d o n r a n d o m f o r e s t . h a s b e e n a c c e p t e d f o r o r a l p r e s e n t a t i o n a t t h e 2 0 1 8 I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n I n t e l l i g e n t C o m p u t i n g , w h i c h h a s b e e n s e l e c t e d i n t o t h e f o l l o w i n g S p r i n g e r N a t u r e v o l u m e : L e c t u r e N o t e s i n C o m p u t e r S c i e n c e ( L N C S ) . A t t h e s a m e t i m e , i t h a s a l s o b e e n s u b s e l e c t e d i n t o t h e f o l l o w i n g j o u r n a l : B M C B i o i n f o r m a t i c s . C u i C , Y a n g W , S h i J , Z h o u Y , Y a n g J , C u i Q , a n d Z h o u Y . I d e n t i f i c a t i o n a n d A n a l y s i s o f H u m a n S e x b i a s e d M i c r o R N A s . G e n o m i c s P r o t e o m i c s B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 1 8 J u l 1 1 . p i i : S 1 6 7 2 0 2 2 9 ( 1 8 ) 3 0 1 3 0 X . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 8 . 0 3 . 0 0 4 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] X u H , W a n g Y , L i n S , D e n g W , P e n g D , C u i Q , a n d X u e Y . P T M D : A D a t a b a s e o f D i s e a s e a s s o c i a t e d P o s t t r a n s l a t i o n a l m o d i f i c a t i o n s . G e n o m i c s , P r o t e o m i c s 9 : 1 3 3 6 . d o i : 1 0 . 3 3 8 9 / f m i c b . 2 0 1 8 . 0 1 3 3 6 . e C o l l e c t i o n 2 0 1 8 . L i J , H a n X , W a n Y , Z h a n g S , Z h a o Y , F a n R , C u i Q , Z h o u Y . T A M 2 . 0 : t o o l f o r M i c r o R N A s e t a n a l y s i s . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 8 J u n 6 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k y 5 0 9 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] Z h o u Y , C u i Q . C o m p a r a t i v e A n a l y s i s o f H u m a n G e n e s F r e q u e n t l y a n d O c c a s i o n a l l y R e g u l a t e d b y m 6 A M o d i f i c a t i o n . G e n o m i c s , P r o t e o m i c s 1 6 ( 2 ) : 1 2 7 1 3 5 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . g p b . 2 0 1 8 . 0 1 . 0 0 1 . E p u b 2 0 1 8 M a y 3 . G u o J , Z h o u Y , C h e n g Y , F a n g W , H u G , W e i J , L i n Y , M a n Y , G u o L , S u n M , C u i Q , L i J . M e t f o r m i n I n d u c e d C h a n g e s o f t h e C o d i n g T r a n s c r i p t o m e a n d N o n C o d i n g R N A s i n t h e L i v e r s o f N o n A l c o h o l i c F a t t y L i v e r D i s e a s e M i c e . C e l l P h y s i o l B i o c h e m . 2 0 1 8 ; 4 5 ( 4 ) : 1 4 8 7 1 5 0 5 . d o i : 1 0 . 1 1 5 9 / 0 0 0 4 8 7 5 7 5 . E p u b 2 0 1 8 F e b 1 6 . W a n g J , Y a n g W , C h e n Z , C h e n J , M e n g Y , F e n g B , S u n L , D o u L , L i J , C u i Q , Y a n g J . L o n g n o n c o d i n g R N A L n c S H G L r e c r u i t s h n R N P A 1 t o s u p p r e s s h e p a t i c g l u c o n e o g e n e s i s a n d l i p o g e n e s i s . D i a b e t e s . 2 0 1 8 A p r ; 6 7 ( 4 ) : 5 8 1 5 9 3 . d o i : 1 0 . 2 3 3 7 / d b 1 7 0 7 9 9 . E p u b 2 0 1 8 J a n 3 0 . D u C , L i n X , X u W , Z h e n g F , C a i J , Y a n g J , C u i Q , T a n g C , C a i J , X u G , G e n g B . S u l f h y d r a t e d s i r t u i n 1 i n c r e a s i n g i t s d e a c e t y l a t i o n a c t i v i t y i s a n e s s e n t i a l e p i g e n e t i c s m e c h a n i s m o f a n t i a t h e r o g e n e s i s b y h y d r o g e n s u l f i d e . A n t i o x i d R e d o x S i g n a l . 2 0 1 8 F e b 2 6 . d o i : 1 0 . 1 0 8 9 / a r s . 2 0 1 7 . 7 1 9 5 . J i n L , L i n X , Y a n g L , F a n X , W a n g W , L i S , L i J , L i u X , B a o M , C u i X , Y a n g J , C u i Q , G e n g B , C a i J . A K 0 9 8 6 5 6 , a N o v e l V a s c u l a r S m o o t h M u s c l e C e l l D o m i n a n t L o n g N o n c o d i n g R N A , P r o m o t e s H y p e r t e n s i o n . H y p e r t e n s i o n . 2 0 1 8 F e b ; 7 1 ( 2 ) : 2 6 2 2 7 2 . C h e n Z , W a n g J , Y a n g W , C h e n J , M e n g Y , F e n g B , C h i Y , G e n g B , Z h o u Y , C u i Q , Y a n g J . F A M 3 C a c t i v a t e s H S F 1 t o s u p p r e s s h e p a t i c g l u c o n e o g e n e s i s a n d a t t e n u a t e h y p e r g l y c e m i a o f t y p e 1 d i a b e t i c m i c e . O n c o t a r g e t . 2 0 1 7 N o v 2 0 ; 8 ( 6 2 ) : 1 0 6 0 3 8 1 0 6 0 4 9 . C h e n Z , W a n g J , Y a n g W , C h e n J , M e n g Y , G e n g B , C u i Q , Y a n g J . F A M 3 A m e d i a t e s P P A R γ s p r o t e c t i o n i n l i v e r i s c h e m i a r e p e r f u s i o n i n j u r y b y a c t i v a t i n g A k t s u r v i v a l p a t h w a y a n d r e p r e s s i n g i n f l a m m a t i o n a n d o x i d a t i v e s t r e s s . O n c o t a r g e t . 2 0 1 7 J u l 2 5 ; 8 ( 3 0 ) : 4 9 8 8 2 4 9 8 9 6 . Z h u Y , X i o n g K , S h i J , C u i Q , X u e L . A p o t e n t i a l r o l e o f m i c r o R N A s i n p r o t e i n a c c u m u l a t i o n i n c e l l u l a r s e n e s c e n c e a n a l y z e d b y b i o i n f o r m a t i c s . P L o S O n e . 2 0 1 7 J u n 7 ; 1 2 ( 6 ) : e 0 1 7 9 0 3 4 . L i u X , Z e n g P , C u i Q , Z h o u Y . C o m p a r a t i v e a n a l y s i s o f g e n e s f r e q u e n t l y r e g u l a t e d b y d r u g s b a s e d o n c o n n e c t i v i t y m a p t r a n s c r i p t o m e d a t a . P L o S O n e . 2 0 1 7 J u n 2 ; 1 2 ( 6 ) : e 0 1 7 9 0 3 7 . C h i Y , L i J , L i N , C h e n Z , M a L , P e n g W , P a n X , L i M , Y u W , H e X , G e n g B , C u i Q , L i u Y , Y a n g J . F A M 3 A e n h a n c e s a d i p o g e n e s i s o f 3 T 3 L 1 p r e a d i p o c y t e s v i a a c t i v a t i o n o f A T P P 2 r e c e p t o r A k t s i g n a l i n g p a t h w a y . O n c o t a r g e t . 2 0 1 7 J u l 1 1 ; 8 ( 2 8 ) : 4 5 8 6 2 4 5 8 7 3 . Y a n g W , W a n g J , C h e n Z , C h e n J , M e n g Y , C h e n L , C h a n g Y , G e n g B , S u n L , D o u L , L i J , G u a n Y , C u i Q , Y a n g J . N F E 2 I n d u c e s m i R 4 2 3 5 p t o P r o m o t e G l u c o n e o g e n e s i s a n d H y p e r g l y c e m i a b y R e p r e s s i n g t h e H e p a t i c F A M 3 A A T P A k t P a t h w a y . D i a b e t e s . 2 0 1 7 J u l ; 6 6 ( 7 ) : 1 8 1 9 1 8 3 2 . C h e n Z , D i n g L , Y a n g W , W a n g J , C h e n L , C h a n g Y , G e n g B , C u i Q , G u a n Y , Y a n g J . H e p a t i c A c t i v a t i o n o f t h e F A M 3 C H S F 1 C a M P a t h w a y A t t e n u a t e s H y p e r g l y c e m i a o f O b e s e D i a b e t i c M i c e . D i a b e t e s . 2 0 1 7 M a y ; 6 6 ( 5 ) : 1 1 8 5 1 1 9 7 . X u W , Z h o u Y , X u G , G e n g B , C u i Q . T r a n s c r i p t o m e a n a l y s i s r e v e a l s n o n i d e n t i c a l m i c r o R N A p r o f i l e s b e t w e e n a r t e r i a l a n d v e n o u s p l a s m a . O n c o t a r g e t . 2 0 1 7 F e b 1 4 . d o i : 1 0 . 1 8 6 3 2 / o n c o t a r g e t . 1 5 3 1 0 . Z h e n g Y , L i a o F , L i n X , Z h e n g F , F a n J , C u i Q , Y a n g J , G e n g B , C a i J . C y s t a t h i o n i n e γ L y a s e H y d r o g e n S u l f i d e I n d u c e s R u n t R e l a t e d T r a n s c r i p t i o n F a c t o r 2 S u l f h y d r a t i o n , T h e r e b y I n c r e a s i n g O s t e o b l a s t A c t i v i t y t o P r o m o t e B o n e F r a c t u r e H e a l i n g . A n t i o x i d R e d o x S i g n a l . 2 0 1 7 O c t 1 0 ; 2 7 ( 1 1 ) : 7 4 2 7 5 3 . L i J , Z h a o F , W a n g Y , C h e n J , T a o J , T i a n G , W u S , L i u W , C u i Q , G e n g B , Z h a n g W , W e l d o n R , A u g u s t e K , Y a n g L , L i u X , C h e n L , Y a n g X , Z h u B , C a i J . G u t m i c r o b i o t a d y s b i o s i s c o n t r i b u t e s t o t h e d e v e l o p m e n t o f h y p e r t e n s i o n . M i c r o b i o m e . 2 0 1 7 F e b 1 ; 5 ( 1 ) : 1 4 . M a W , H u a n g C , Z h o u Y , L i J , C u i Q . M i c r o P a t t e r n : a w e b b a s e d t o o l f o r m i c r o b e s e t e n r i c h m e n t a n a l y s i s a n d d i s e a s e s i m i l a r i t y c a l c u l a t i o n b a s e d o n a l i s t o f m i c r o b e s . S c i R e p . 2 0 1 7 J a n 1 0 ; 7 : 4 0 2 0 0 . d o i : 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 4 0 2 0 0 . G u o S , Z h o u Y , Z e n g P , X u G , W a n g G , a n d C u i Q . I d e n t i f i c a t i o n a n d a n a l y s i s o f t h e h u m a n s e x b i a s e d g e n e s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 6 D e c 2 7 . p i i : b b w 1 2 5 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b w 1 2 5 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] . F u Y , G a o C , L i a n g Y , W a n g M , H u a n g Y , M a W , L i T , J i a Y , Y u F , Z h u W , C u i Q , L i Y , X u Q , W a n g X , K o n g W . S h i f t o f M a c r o p h a g e P h e n o t y p e D u e t o C a r t i l a g e O l i g o m e r i c M a t r i x P r o t e i n D e f i c i e n c y D r i v e s A t h e r o s c l e r o t i c C a l c i f i c a t i o n . C i r c R e s . 2 0 1 6 J u l 8 ; 1 1 9 ( 2 ) : 2 6 1 7 6 . F a n g L , Z h a n g M , L i Y , L i u Y , C u i Q , W a n g N . P P A R g e n e : A D a t a b a s e o f E x p e r i m e n t a l l y V e r i f i e d a n d C o m p u t a t i o n a l l y P r e d i c t e d P P A R T a r g e t G e n e s . P P A R R e s . 2 0 1 6 ; 2 0 1 6 : 6 0 4 2 1 6 2 . Z h o u Y , Z e n g P , L i Y , Z h a n g Z , C u i Q . S R A M P : p r e d i c t i o n o f m a m m a l i a n N 6 m e t h y l a d e n o s i n e ( m 6 A ) s i t e s b a s e d o n s e q u e n c e d e r i v e d f e a t u r e s . N u c l e i c A c i d s R e s 2 0 1 6 J u n 2 ; 4 4 ( 1 0 ) : e 9 1 . W a n g J , M a R , M a W , C h e n J , Y a n g J , X i Y , C u i Q . L n c D i s e a s e : a s e q u e n c e b a s e d b i o i n f o r m a t i c s t o o l f o r p r e d i c t i n g l n c R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . N u c l e i c A c i d s R e s 2 0 1 6 M a y 1 9 ; 4 4 ( 9 ) : e 9 0 . S h i B , G u o H , Z h a n g T , C u i Q . A n a l y s i s o f p l a s m a m i c r o R N A e x p r e s s i o n p r o f i l e s r e v e a l e d d i f f e r e n t c a n c e r s u s c e p t i b i l i t y i n h e a l t h y y o u n g a d u l t s m o k e r s a n d m i d d l e a g e d s m o k e r s . O n c o t a r g e t 2 0 1 6 A p r 1 9 ; 7 ( 1 6 ) : 2 1 6 7 6 8 5 . M a W , Z h a n g L , Z e n g P , H u a n g C , L i J , G e n g B , Y a n g J , K o n g W , Z h o u X , a n d C u i Q . A n a n a l y s i s o f h u m a n m i c r o b e d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 6 F e b 1 5 . p i i : b b w 0 0 5 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] Z h a n g C , L u J , L i u B , C u i Q , W a n g Y . P r i m a t e s p e c i f i c m i R 6 0 3 i s i m p l i c a t e d i n t h e r i s k a n d p a t h o g e n e s i s o f A l z h e i m e r s d i s e a s e . A g i n g ( A l b a n y N Y ) . 2 0 1 6 F e b 8 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] Z e n g P , C u i Q . R s i t e 2 : a n e f f i c i e n t c o m p u t a t i o n a l m e t h o d t o p r e d i c t t h e f u n c t i o n a l s i t e s o f n o n c o d i n g R N A s . S c i R e p . 2 0 1 6 J a n 1 1 ; 6 : 1 9 0 1 6 . L i a o F , Z h e n g Y , C a i J , F a n J , W a n g J , Y a n g J , C u i Q , X u G , T a n g C , G e n g B . C a t e s t a t i n a t t e n u a t e s e n d o p l a s m i c r e t i c u l u m i n d u c e d c e l l a p o p t o s i s b y a c t i v a t i o n t y p e 2 m u s c a r i n i c a c e t y l c h o l i n e r e c e p t o r i n c a r d i a c i s c h e m i a / r e p e r f u s i o n . S c i R e p . 2 0 1 5 N o v 1 6 ; 5 : 1 6 5 9 0 . Z h a n g K , L i T , F u Y , C u i Q , K o n g W . P r e d i c t i n g A b d o m i n a l A o r t i c A n e u r y s m T a r g e t G e n e s b y L e v e l 2 P r o t e i n P r o t e i n I n t e r a c t i o n . P L o S O n e . 2 0 1 5 O c t 2 3 ; 1 0 ( 1 0 ) : e 0 1 4 0 8 8 8 . W a n g Y , Q i u C , C u i Q . A L a r g e S c a l e A n a l y s i s o f t h e R e l a t i o n s h i p o f S y n o n y m o u s S N P s C h a n g i n g M i c r o R N A R e g u l a t i o n w i t h F u n c t i o n a l i t y a n d D i s e a s e . I n t J M o l S c i . 2 0 1 5 S e p 3 0 ; 1 6 ( 1 0 ) : 2 3 5 4 5 5 5 . C h e n Z , L u o Y , Y a n g W , D i n g L , W a n g J , T u J , G e n g B , C u i Q , Y a n g J . C o m p a r i s o n A n a l y s i s o f D y s r e g u l a t e d L n c R N A P r o f i l e i n M o u s e P l a s m a a n d L i v e r a f t e r H e p a t i c I s c h e m i a / R e p e r f u s i o n I n j u r y . P L o S O n e . 2 0 1 5 J u l 2 9 ; 1 0 ( 7 ) : e 0 1 3 3 4 6 2 . Z e n g H , Q i u C , C u i Q . D r u g P a t h : a d a t a b a s e f o r d r u g i n d u c e d p a t h w a y s . D a t a b a s e ( O x f o r d ) . 2 0 1 5 J u n 3 0 ; 2 0 1 5 : b a v 0 6 1 . L i Y H , Z h a n g G , C u i Q . P P U S : a w e b s e r v e r t o p r e d i c t P U S s p e c i f i c p s e u d o u r i d i n e s i t e s . B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 1 5 O c t 1 5 ; 3 1 ( 2 0 ) : 3 3 6 2 4 . Z e n g P , L i J , M a W , C u i Q . R s i t e : a c o m p u t a t i o n a l m e t h o d t o i d e n t i f y t h e f u n c t i o n a l s i t e s o f n o n c o d i n g R N A s . S c i R e p . 2 0 1 5 M a r 1 7 ; 5 : 9 1 7 9 . L i J , M a W , Z e n g P , W a n g J , G e n g B , Y a n g J , a n d C u i Q . L n c T a r : a t o o l f o r p r e d i c t i n g t h e R N A t a r g e t s o f l o n g n o n c o d i n g R N A s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 5 1 6 ( 5 ) : 8 0 6 1 2 . L i J , G a o C , W a n g Y , M a W , T u J , W a n g J , C h e n Z , K o n g W , a n d C u i Q . A b i o i n f o r m a t i c s m e t h o d f o r p r e d i c t i n g l o n g n o n c o d i n g R N A s a s s o c i a t e d w i t h v a s c u l a r d i s e a s e . S c i e n c e C h i n a L i f e S c i e n c e s 2 0 1 4 5 7 ( 8 ) : 8 5 2 7 . J i n L , T u J , J i a J , A n W , T a n H , C u i Q , a n d L i Z . D r u g r e p u r p o s i n g i d e n t i f i e d t h e c o m b i n a t i o n o f T r o l o x C a n d C y t i s i n e f o r t h e t r e a t m e n t o f t y p e 2 d i a b e t e s . J o u r n a l o f T r a n s l a t i o n a l M e d i c i n e 2 0 1 4 1 2 : 1 5 3 . J i a S , C h e n Z , L i J , C h i Y , W a n g J , L i S , L u o Y , G e n g B , W a n g C , C u i Q , G u a n Y , Y a n g J . F A M 3 A p r o m o t e s v a s c u l a r s m o o t h m u s c l e c e l l p r o l i f e r a t i o n a n d m i g r a t i o n a n d e x a c e r b a t e s n e o i n t i m a f o r m a t i o n i n r a t a r t e r y a f t e r b a l l o o n i n j u r y . J M o l C e l l C a r d i o l 2 0 1 4 7 4 C : 1 7 3 1 8 2 . L i u M , C h e n X , C u i Q , a n d Y a n G . A f r a m e w o r k t o i n f e r t h e d i s e a s e a s s o c i a t e d w i t h h u m a n l o n g n o n c o d i n g R N A s . P L o S O N E 2 0 1 4 9 ( 1 ) : e 8 4 4 0 8 . L i Y , Q i u C , T u J , G e n g B , Y a n g J , J i a n g T , a n d C u i Q . H M D D v 2 . 0 : a d a t a b a s e f o r e x p e r i m e n t a l l y s u p p o r t e d h u m a n m i c r o R N A a n d d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h , 2 0 1 4 , 4 2 ( D 1 ) , D 1 0 7 0 D 1 0 7 4 . L i X , W a n g J , J i a Z , C u i Q , Z h a n g C , W a n g W , C h e n P , M a K , a n d Z h o u C . M i R 4 9 9 R e g u l a t e s C e l l P r o l i f e r a t i o n a n d A p o p t o s i s d u r i n g L a t e S t a g e C a r d i a c D i f f e r e n t i a t i o n v i a S o x 6 a n d C y c l i n D 1 . P L o S O N E 2 0 1 3 8 ( 9 ) : e 7 4 5 0 4 . Z h e n g X , L i A , Z h a o L , Z h o u T , S h e n Q , C u i Q , a n d Q i n X . K e y r o l e o f m i c r o R N A 1 5 a i n t h e K L F 4 s u p p r e s s i o n s o f p r o l i f e r a t i o n a n d a n g i o g e n e s i s i n e n d o t h e l i a l a n d v a s c u l a r s m o o t h m u s c l e c e l l s . B i o c h e m i c a l a n d B i o p h y s i c a l R e s e a r c h C o m m u n i c a t i o n s . V o l u m e 4 3 7 , I s s u e 4 , 9 A u g u s t 2 0 1 3 , P a g e s 6 2 5 6 3 1 . X u W , G e n g B , C u i Q , G u a n Y , a n d Y a n g J . I n t r a c e l l u l a r a n d e x t r a c e l l u l a r A T P i n r e g u l a t i o n o f i n s u l i n s e c r e t i o n f r o m p a n c r e a t i c β c e l l s . J o u r n a l o f D i a b e t e s , 2 0 1 3 ( i n p r e s s ) . L i D , C h e n G , Y a n g J , F a n X , G o n g Y , X u G , C u i Q , a n d G e n g B . T r a n s c r i p t o m e A n a l y s i s R e v e a l s D i s t i n c t P a t t e r n s o f L o n g N o n c o d i n g R N A s i n H e a r t a n d P l a s m a o f M i c e w i t h H e a r t F a i l u r e . P L o S O N E 2 0 1 3 8 ( 1 0 ) : e 7 7 9 3 8 . L i Y , L i Z , Z h o u S , W e n J , G e n g B , Y a n g J , a n d C u i Q . G e n o m e W i d e A n a l y s i s o f H u m a n M i c r o R N A S t a b i l i t y . B i o M e d R e s e a r c h I n t e r n a t i o n a l 2 0 1 3 : 3 6 8 9 7 5 C h e n Z , J i a S , L i D , C a i J , T u J , G e n g B , C u i Q , a n d Y a n g J . S i l e n c i n g o f L o n g N o n c o d i n g R N A A K 1 3 9 3 2 8 A t t e n u a t e s I s c h e m i a / R e p e r f u s i o n I n j u r y i n M o u s e L i v e r s . P L o S O N E 2 0 1 3 8 ( 1 1 ) : e 8 0 8 1 7 . C h e n G , W a n g Z , W a n g D , Q i u C , L i u M , C h e n X , Z h a n g Q , Y a n G , a n d C u i Q . L n c R N A D i s e a s e : a d a t a b a s e f o r l o n g n o n c o d i n g R N A a s s o c i a t e d d i s e a s e s . N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h . 4 1 , 9 8 3 9 8 6 , 2 0 1 3 C h e n G , W a n g J , a n d C u i Q . C o u l d c i r c u l a t i n g m i c r o R N A s c o n t r i b u t e t o c a n c e r t h e r a p y . T r e n d s i n M o l e c u l a r M e d i c i n e . 2 0 1 3 1 9 ( 2 ) , 7 1 7 3 . C h e n G , Q i u C , Z h a n g Q , L i u B , a n d C u i Q . G e n o m e w i d e a n a l y s i s o f h u m a n S N P s a t l o n g i n t e r g e n i c n o n c o d i n g R N A s . H u m a n M u t a t i o n . 2 0 1 3 3 4 ( 2 ) , 3 3 8 3 4 4 . C h e n X , L i u M , C u i Q , a n d Y a n G . P r e d i c t i o n o f D i s e a s e R e l a t e d I n t e r a c t i o n s b e t w e e n M i c r o R N A s a n d E n v i r o n m e n t a l F a c t o r s B a s e d o n a S e m i S u p e r v i s e d C l a s s i f i e r . P L O S O N E 2 0 1 2 , 7 ( 8 ) e 4 3 4 2 5 D O I : 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 4 3 4 2 5 Q i u C , C h e n G , a n d C u i Q . T o w a r d s t h e u n d e r s t a n d i n g o f m i c r o R N A a n d e n v i r o n m e n t a l f a c t o r i n t e r a c t i o n s a n d t h e i r r e l a t i o n s h i p s t o h u m a n d i s e a s e s . S C I E N T I F I C R E P O R T S 2 0 1 2 : 2 . D O I : 1 0 . 1 0 3 8 / s r e p 0 0 3 1 8 Q i u C , W a n g D , W a n g E , a n d C u i Q . A n u p s t r e a m i n t e r a c t i n g c o n t e x t b a s e d f r a m e w o r k f o r t h e c o m p u t a t i o n a l i n f e r e n c e o f m i c r o R N A f u n c t i o n s . M O L E C U L A R B I O S Y S T E M S 2 0 1 2 , 8 ( 5 ) 1 4 9 2 1 4 9 8 D O I : 1 0 . 1 0 3 9 / c 2 m b 0 5 4 6 9 h L i X , G a o L , C u i Q , G a r y B D , D y e s s D L , T a y l o r W , S h e v d e S a m a n t L R , S a m a n t R S , D e a n C o l o m b W , P i a z z a G A , X i Y . S u l i n d a c i n h i b i t s t u m o r c e l l i n v a s i o n b y s u p p r e s s i n g N F k B m e d i a t e d t r a n s c r i p t i o n o f m i c r o R N A s . O n c o g e n e 2 0 1 2 J a n 3 0 Q i u C , W a n g J , a n d C u i Q . m i R 2 G e n e : P a t t e r n d i s c o v e r y o f s i n g l e g e n e , m u l t i p l e g e n e s , a n d p a t h w a y s b y e n r i c h m e n t a n a l y s i s o f t h e i r m i c r o R N A r e g u l a t o r s . B M C S y s t e m s B i o l o g y 2 0 1 1 5 ( S u p p l 2 ) : S 9 . C u i X B , W a n g C , L i L , F a n D , Z h o u Y , W u D , C u i Q H , F u F Y , W u L L . I n s u l i n d e c r e a s e s m y o c a r d i a l a d i p o n e c t i n r e c e p t o r 1 e x p r e s s i o n v i a P I 3 K / A k t a n d F o x O 1 p a t h w a y . C a r d i o v a s c R e s . 2 0 1 1 O c t 1 9 . [ E p u b a h e a d o f p r i n t ] W a n g J ， Z h a n g J ， L i K , Z h a o W a n d C u i Q . S p l i c e D i s e a s e d a t a b a s e : l i n k i n g R N A s p l i c i n g a n d d i s e a s e . N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h , 2 0 1 1 d a t a b a s e i s s u e ( i n p r e s s ) . Y a n g Q , Q i u C , Y a n g J , W u Q , a n d C u i Q . m i R E n v i r o n m e n t D a t a b a s e : p r o v i d i n g a b r i d g e f o r m i c r o R N A s , e n v i r o n m e n t a l f a c t o r s , a n d p h e n o t y p e s . B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 1 2 7 : 3 3 2 9 3 3 3 0 . L i W , R o n g R , Z h a o S , Z h u X , Z h a n g K , X i o n g X , Y u X , C u i Q , L i S , C h e n L , C a i J , D u J . P r o t e o m i c a n a l y s i s o f m e t a b o l i c , c y t o s k e l e t a l , a n d s t r e s s r e s p o n s e p r o t e i n s i n h u m a n h e a r t f a i l u r e . J C e l l M o l M e d . 2 0 1 1 M a y 5 . W a n g J , L i Z , Q i u C , W a n g D , a n d C u i Q . T h e r e l a t i o n s h i p b e t w e e n r a t i o n a l d r u g d e s i g n a n d d r u g s i d e e f f e c t s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 1 1 S e p 2 3 . C u i Q . A N e t w o r k o f C a n c e r G e n e s w i t h C o O c c u r r i n g a n d A n t i C o O c c u r r i n g M u t a t i o n s . P L o S O N E 2 0 1 0 5 ( 1 0 ) : e 1 3 1 8 0 . d o i : 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 3 1 8 0 W a n g D , Q i u C , Z h a n g H , W a n g J , C u i Q , a n d Y i n Y . H u m a n m i c r o R N A o n c o g e n e s a n d t u m o r s u p p r e s s o r s s h o w s i g n i f i c a n t l y d i f f e r e n t b i o l o g i c a l p a t t e r n s : f r o m f u n c t i o n s t o t a r g e t s . P L o S O N E 2 0 1 0 5 ( 9 ) : e 1 3 0 6 7 . d o i : 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 1 3 0 6 7 L u M , S h i B , W a n g J , C a o Q , C u i Q . T A M : A m e t h o d f o r e n r i c h m e n t a n d d e p l e t i o n a n a l y s i s o f a m i c r o R N A c a t e g o r y i n a l i s t o f m i c r o R N A s . B M C B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 1 0 , 1 1 : 4 1 9 ( 9 A u g u e s t 2 0 1 0 ) . d o i : 1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 2 1 0 5 1 1 4 1 9 L i J , L e n f e r i n k A , D e n g Y , C o l l i n s C , C u i Q , P u r i s i m a E , O C o n n o r M c C o u r t M , a n d W a n g E . I d e n t i f i c a t i o n o f h i g h q u a l i t y c a n c e r p r o g n o s t i c m a r k e r s a n d m e t a s t a s i s n e t w o r k m o d u l e s . N a t . C o m m u n . 2 0 1 0 1 : 3 4 . d o i : 1 0 . 1 0 3 8 / n c o m m s 1 0 3 3 C h a n g N , Y i J , G u o G , L i u X , S h a n g Y , T o n g T , C u i Q , Z h a n M , G o r o s p e M , W a n g W . H u R u s e s A U F 1 a s a c o f a c t o r t o p r o m o t e p 1 6 I N K 4 m R N A d e c a y . M o l C e l l B i o l . 2 0 1 0 M a y 2 4 . d o i : 1 0 . 1 1 2 8 / M C B . 0 0 1 6 9 1 0 Q i u C , W a n g J , Y a o P , W a n g E , a n d C u i Q . m i c r o R N A e v o l u t i o n i n a h u m a n t r a n s c r i p t i o n f a c t o r a n d m i c r o R N A r e g u l a t o r y n e t w o r k . B M C S y s t e m s B i o l o g y 2 0 1 0 , 4 : 9 0 . d o i : 1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 0 5 0 9 4 9 0 W a n g D , W a n g , J , L u M , S o n g F , a n d C u i Q . I n f e r r i n g t h e h u m a n m i c r o R N A f u n c t i o n a l s i m i l a r i t y a n d f u n c t i o n a l n e t w o r k b a s e d o n m i c r o R N A a s s o c i a t e d d i s e a s e s . B i o i n f o r m a t i c s 2 0 1 0 2 6 : 1 6 4 4 1 6 5 0 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t q 2 4 1 Q i n X , W a n g X , W a n g Y , T a n g Z , C u i Q , X i J , L i Y S , C h i e n S , W a n g N . M i c r o R N A 1 9 a m e d i a t e s t h e s u p p r e s s i v e e f f e c t o f l a m i n a r f l o w o n c y c l i n D 1 e x p r e s s i o n i n h u m a n u m b i l i c a l v e i n e n d o t h e l i a l c e l l s . P r o c N a t l A c a d S c i U S A . 2 0 1 0 F e b 1 6 ; 1 0 7 ( 7 ) : 3 2 4 0 4 . d o i : 1 0 . 1 0 7 3 / p n a s . 0 9 1 4 8 8 2 1 0 7 W a n g J , L u M , Q i u C , a n d C u i Q . T r a n s m i R : a t r a n s c r i p t i o n f a c t o r m i c r o R N A r e g u l a t i o n d a t a b a s e . N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h 2 0 1 0 d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k p 8 0 3 S h i G , C u i Q , a n d Y o u y i Z h a n g . M i c r o R N A S e t : A N o v e l W a y t o U n c o v e r t h e P o t e n t i a l B l a c k B o x o f C h r o n i c H e a r t F a i l u r e i n M i c r o R N A M i c r o a r r a y A n a l y s i s . J C o m p u t S c i S y s t B i o l 2 0 0 9 2 : 2 4 0 2 4 6 . d o i : 1 0 . 4 1 7 2 / j c s b . 1 0 0 0 0 3 6 W a n g D , L u M , M i a o J , L i T , W a n g E , a n d C u i Q . C e p r e d : P r e d i c t i n g t h e C o E x p r e s s i o n P a t t e r n s o f t h e H u m a n I n t r o n i c m i c r o R N A s w i t h T h e i r H o s t G e n e s . P L o S O N E 2 0 0 9 4 ( 2 ) : e 4 4 2 1 . d o i : 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 4 4 2 1 Z h a o H , W a n g D , L i u B , J i a n g X , Z h a n g J , F a n M , F a n Z , C h e n Y , S o n g S W , G a o W , J i a n g T , C u i Q . R e c o m b i n a t i o n r a t e s o f h u m a n m i c r o R N A . B i o c h e m B i o p h y s R e s C o m m u n . 2 0 0 9 F e b 1 3 ; 3 7 9 ( 3 ) : 7 0 2 5 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 8 . 1 2 . 1 4 4 Z h a n g F , L u M , Z h a n g Q , Z h a n g F , G a o W , a n d C u i Q . P r e d i c t i n g c a r d i o v a s c u l a r d i s e a s e a s s o c i a t e d m i c r o R N A s b y b i o i n f o r m a t i c s . J o u r n a l o f P e k i n g U n i v e r s i t y ( H e a l t h S c i e n c e s ) , 2 0 0 9 4 1 ( 1 ) : 1 1 2 1 1 6 ( i n C h i n e s e ) C u i Q , P u r i s i m a E O , W a n g E , P r o t e i n e v o l u t i o n o n a h u m a n s i g n a l i n g n e t w o r k . B M C S y s t e m s B i o l o g y 2 0 0 9 , 3 : 2 1 . d o i : 1 0 . 1 1 8 6 / 1 7 5 2 0 5 0 9 3 2 1 M i a o J , F a n Q , C u i Q , Z h a n g H , C h e n L , W a n g S , G u a n N , G u a n Y , D i n g J . N e w l y i d e n t i f i e d c y t o s k e l e t a l c o m p o n e n t s a r e a s s o c i a t e d w i t h d y n a m i c c h a n g e s o f p o d o c y t e f o o t p r o c e s s e s . N e p h r o l D i a l T r a n s p l a n t 2 0 0 9 , 2 4 ( 1 1 ) : 3 2 9 7 3 3 0 5 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / n d t / g f p 3 3 8 Z h a n g Q , L u M , a n d C u i , Q . S N P a n a l y s i s r e v e a l s a n e v o l u t i o n a r y a c c e l e r a t i o n o f t h e h u m a n s p e c i f i c m i c r o R N A s . N a t u r e P r e c e d i n g s ( 2 0 0 8 ) . d o i : 1 0 1 0 1 / n p r e . 2 0 0 8 . 2 1 2 7 . 1 L u M , Z h a n g Q , D e n g M , M i a o J , G u o Y , G a o W , C u i Q . A n a n a l y s i s o f h u m a n m i c r o R N A a n d d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . P L o S O N E . 2 0 0 8 ; 3 ( 1 0 ) : e 3 4 2 0 . d o i : 1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 0 0 3 4 2 0 C u i Q , M a Y , J a r a m i l l o M , B a r i H , A w a n A , Y a n g S , Z h a n g S , L i u L , L u M , O C o n n o r M c C o u r t M , P u r i s i m a E O , W a n g E . A m a p o f h u m a n c a n c e r s i g n a l i n g . M o l S y s t B i o l 2 0 0 7 3 : 1 5 2 . d o i : 1 0 . 1 0 3 8 / m s b 4 1 0 0 2 0 0 C u i Q , Y u Z , P u r i s i m a E O , W a n g E . M i c r o R N A r e g u l a t i o n a n d i n t e r s p e c i f i c v a r i a t i o n o f g e n e e x p r e s s i o n . T r e n d s G e n e t 2 0 0 7 2 3 : 3 7 2 3 7 5 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . t i g . 2 0 0 7 . 0 4 . 0 0 3 C u i Q , Y u Z , P a n Y , P u r i s i m a E O , W a n g E . M i c r o R N A s p r e f e r e n t i a l l y t a r g e t t h e g e n e s w i t h h i g h t r a n s c r i p t i o n a l r e g u l a t i o n c o m p l e x i t y . B i o c h e m B i o p h y s R e s C o m m u n 2 0 0 7 3 5 2 : 7 3 3 7 3 8 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / j . b b r c . 2 0 0 6 . 1 1 . 0 8 0 A w a n A , B a r i H , Y o k s o n g S , C h o w d h u r y S , C u i Q , Y u Z , P u r i s i m a E O , W a n g E . R e g u l a t o r y n e t w o r k m o t i f s a n d h o t s p o t s o f c a n c e r g e n e s i n a m a m m a l i a n c e l l u l a r s i g n a l l i n g n e t w o r k . I E T S y s t B i o l 2 0 0 7 1 : 2 9 2 7 . d o i : 1 0 . 1 0 4 9 / i e t s y b : 2 0 0 6 0 0 6 8 C u i Q , Y u Z , P u r i s i m a E O , W a n g E . P r i n c i p l e s o f m i c r o R N A r e g u l a t i o n o f a h u m a n c e l l u l a r s i g n a l i n g n e t w o r k . M o l S y s t B i o l 2 0 0 6 2 : 4 6 . d o i : 1 0 . 1 0 3 8 / m s b 4 1 0 0 0 8 9 C u i Q , L i u B , J i a n g T , M a S . C h a r a c t e r i z i n g t h e d y n a m i c c o n n e c t i v i t y b e t w e e n g e n e s b y v a r i a b l e p a r a m e t e r r e g r e s s i o n a n d K a l m a n f i l t e r i n g b a s e d o n t e m p o r a l g e n e e x p r e s s i o n d a t a . B i o i n f o r m a t i c s 2 0 0 5 2 1 : 1 5 3 8 1 5 4 1 . d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t i 1 9 7 C u i Q , J i a n g T , L i u B , M a S . E s u b 8 : a n o v e l t o o l t o p r e d i c t p r o t e i n s u b c e l l u l a r l o c a l i z a t i o n s i n e u k a r y o t i c o r g a n i s m s . B M C B i o i n f o r m a t i c s 2 0 0 4 5 : 6 6 . d o i : 1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 2 1 0 5 5 6 6 L i u B , C u i Q , J i a n g T , M a S . A c o m b i n a t i o n a l f e a t u r e s e l e c t i o n a n d e n s e m b l e n e u r a l n e t w o r k m e t h o d f o r c l a s s i f i c a t i o n o f g e n e e x p r e s s i o n d a t a . B M C B i o i n f o r m a t i c s 2 0 0 4 5 : 1 3 6 . d o i : 1 0 . 1 1 8 6 / 1 4 7 1 2 1 0 5 5 1 3 6 H u a n g H , Z h a n g L , C u i Q , J i a n g T , M a S , G a o Y . F i n d i n g P o t e n t i a l L i g a n d s f o r P D Z D o m a i n s b y T a i l f i t , a J A V A p r o g r a m . C h i n e s e M e d i c a l S c i e n c e s J o u r n a l 2 0 0 4 1 9 ( 2 ) : 9 7 1 0 4 J i a n g T , C u i Q , S h i G , M a S . P r o t e i n F o l d i n g S i m u l a t i o n s o f t h e H y d r o p h o b i c H y d r o p h i l i c M o d e l b y C o m b i n i n g T a b u S e a r c h w i t h G e n e t i c A l g o r i t h m s . J o u r n a l o f C h e m i c a l P h y s i c s 2 0 0 3 1 1 9 : 4 5 9 2 4 5 9 6 . d o i : 1 0 . 1 0 6 3 / 1 . 1 5 9 2 7 9 6 长 期 招 收 博 士 后 ， 要 求 如 下 ： 一 、 职 位 要 求 　 　 1 、 研 究 背 景 ： 生 物 信 息 学 　 　 2 、 发 表 过 S C I 科 研 论 文 、 具 有 良 好 的 英 文 文 献 阅 读 和 写 作 能 力 ； 　 　 3 、 熟 悉 编 程 、 熟 悉 人 工 智 能 ； 　 　 4 、 具 备 良 好 的 学 术 道 德 、 沟 通 能 力 和 团 队 精 神 ， 具 有 强 烈 进 取 心 ， 工 作 刻 苦 努 力 。 
 　 　 二 、 待 遇 　 　 按 照 北 京 大 学 医 学 部 博 士 后 相 关 待 遇 执 行 。 
 博 士 后 实 行 年 薪 制 ， 博 雅 博 士 后 年 薪 2 4 万 ， 其 他 全 职 博 士 后 年 薪 不 低 于 1 8 万 ， 优 秀 博 士 后 年 薪 会 提 高 两 万 元 ， 其 它 待 遇 按 北 京 大 学 博 士 后 的 规 章 制 度 执 行 。 
 鼓 励 并 支 持 以 项 目 负 责 人 身 份 申 请 国 家 级 基 金 。 
 　 　 三 、 招 聘 程 序 　 　 1 、 应 聘 者 请 提 供 详 细 个 人 简 介 （ 包 括 个 人 基 本 信 息 、 教 育 科 研 经 历 、 科 研 成 果 等 ） 、 近 五 年 发 表 的 代 表 性 论 文 全 文 ； 2 、 本 实 验 室 初 审 ； 　 　 3 、 学 院 组 织 面 试 ； 　 　 4 、 报 北 京 大 学 医 学 部 及 相 关 部 门 审 批 。 
 　 　 四 、 联 系 方 式 　 　 接 收 简 历 邮 箱 ： c u i q i n g h u a @ b j m u . e d u . c n ， 邮 件 主 题 请 注 明 “ 博 士 后 应 聘 ” I C P 备 案 信 息 ： 京 I C P 备 1 4 0 1 7 8 7 5 号 京 公 网 安 备 1 0 1 0 8 0 2 0 2 7 8 1 0 号 3 6 0 网 站 安 全 检 测 平 台 京 公 网 安 备 1 1 0 1 0 8 0 2 0 1 6 3 3 7 号 & n b s p & n b s p & n b s p 京 I C P 备 1 4 0 1 7 8 7 5 号