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A A O D A n i m a l O m i c s D a t a b a s e W e l c o m e t o t h e A g r i c u l t u r a l A n i m a l O m i c s D a t a b a s e A p u b l i c r e s o u r c e f o r v a n a n t s d i s c o v e r y i n a g r i c u l t u r a l a n i m a l A n i m a l O m i c s D a t a b a s e ( A O D ) R u m i n a n t G e n o m e D a t a b a s e ( R G D ) P a n g e n o m e D a t a b a s e p a n P i g D B ( P I G P A N ) p a n G o a t D B ( G O A T P A N ) p a n C h i c k e n D B ( C P A N ) V a r i a t i o n D a t a b a s e F r i e n d l y L i n k s : S h a a n x i P r o v i n c e L i v e s t o c k a n d P o u l t r y R e s o u r c e s D a t a P l a t f o r m A n i m a l O m i c s D a t a b a s e ( A O D ) T h e p l a t f o r m i s a u s e r f r i e n d l y w e b i n t e r f a c e d e s i g n e d f o r s c i e n t i f i c c o m m u n i t i e s , i n t e g r a t i n g a v a i l a b l e o m i c s d a t a f o r b o t h h u m a n s a n d d o m e s t i c a n i m a l s . R u m i n a n t G e n o m e D a t a b a s e ( R G D ) V e r s i o n 2 R G D i s a n i n t e r a c t i v e w e b s i t e t h a t v i s u a l l y i n t e g r a t e s a d i v e r s e a r r a y o f d a t a f r o m t h e R u m i n a n t G e n o m e P r o j e c t ( R G P ) a n d o t h e r p u b l i c d a t a s e t s w o r l d w i d e . B o v i n e V a r i a t i o n D B ( B G V D ) A n i n t e r f a c e f o r t h e c o m p r e h e n s i v e B o v i n e G e n o m e V a r i a t i o n D a t a b a s e , f e a t u r i n g m u l t i p l e a u x i l i a r y f u n c t i o n a l i t i e s . S h e e p V a r i a t i o n D B ( S h e e p V a r ) A c o m p r e h e n s i v e s h e e p v a r i a t i o n d a t a b a s e , e q u i p p e d w i t h m u l t i p l e a u x i l i a r y f u n c t i o n a l i t i e s . G o a t V a r i a t i o n D B ( G G V D ) A c o m p r e h e n s i v e d a t a b a s e ( G G V D ) d e d i c a t e d t o v a r i a t i o n s , s e l e c t i v e s i g n a t u r e s a n d i n t r o g r e s s i o n r e g i o n s f r o m m o d e r n a n d a n c i e n t g o a t g e n o m e s . C h i c k e n V a r i a t i o n D B ( G a l b a s e ) A c h i c k e n m u l t i o m i c s d a t a b a s e t h a t h o s t s r e f e r e n c e g e n o m e s , a n n o t a t i o n s , h i g h q u a l i t y g e n e t i c v a r i a n t s , t r a n s c r i p t o m e s , h i s t o n e m o d i f i c a t i o n s , o p e n c h r o m a t i n r e g i o n s , G W A S , a n d Q T L . p a n P i g D B ( P I G P A N ) T h e p i g p a n g e n o m e c o m p r i s e s a 2 . 4 G b D u r o c g e n o m e ( S s c r o f a 1 1 . 1 ) , a s s e m b l e d u s i n g t h i r d g e n e r a t i o n s e q u e n c i n g t e c h n o l o g y , a l o n g w i t h 7 2 . 5 M b o f p a n s e q u e n c e s f r o m 1 1 s i g n i f i c a n t E u r o p e a n a n d C h i n e s e l o c a l p i g v a r i e t i e s . p a n G o a t D B ( G O A T P A N ) T h e g o a t p a n g e n o m e o f f e r s i m p r o v e d e x p l o r a t i o n o f u n d e r l y i n g g e n o m i c v a r i a t i o n s . A d d i t i o n a l l y , w e p r o p o s e a n o v e l s t r a t e g y f o r p a n g e n o m e c o n s t r u c t i o n b y c o m p a r i n g d e n o v o g e n o m e s f r o m c l o s e l y r e l a t e d s p e c i e s . p a n C h i c k e n D B ( C P A N ) A c h i c k e n p a n g e n o m e , c o n s t r u c t e d f r o m 2 0 d e n o v o g e n o m e a s s e m b l i e s w i t h h i g h s e q u e n c i n g d e p t h , r e v e a l e d 1 , 3 3 5 p r o t e i n c o d i n g g e n e s a n d 3 , 0 1 1 l o n g n o n c o d i n g R N A s n o t p r e v i o u s l y d e s c r i b e d P i g V a r D B ( P G V D ) A c o m p r e h e n s i v e P i g G e n o m e V a r i a t i o n D a t a b a s e ( P G V D ) o f f e r s s i x m a i n f u n c t i o n a l i t i e s : G e n e Q u i c k S e a r c h , V a r i a t i o n S e a r c h , G e n o m i c S i g n a t u r e S e a r c h , G e n o m e B r o w s e r , A l i g n m e n t S e a r c h T o o l s ( B L A T / B L A S T ) , a n d G e n o m e C o o r d i n a t e C o n v e r s i o n T o o l ( L i f t O v e r ) . H o r s e V a r D B ( H G V D ) A c o m p r e h e n s i v e h o r s e v a r i a t i o n d a t a b a s e ( H o r s e V a r ) h o s t s 2 7 , 9 9 4 , 9 4 4 S N P s a n d 2 , 9 6 3 , 1 6 0 I n d e l s . T h e d a t a b a s e o f f e r s f i v e m a i n f u n c t i o n a l i t i e s : “ S e a r c h S N P s , ” “ S e a r c h I n d e l s , ” “ G e n o m e B r o w s e r , ” a n d “ A l i g n m e n t S e a r c h T o o l s ( B L A T / B L A S T ) . B e e V a r D B ( E G V D ) A c o m p r e h e n s i v e E a s t e r n H o n e y B e e v a r i a t i o n d a t a b a s e o f f e r s t w o m e t h o d s f o r v i e w i n g v a r i a t i o n s : i n t e r a c t i v e t a b l e s a n d g r a p h s , a n d t h e G b r o w s e f o r m a t . S h a a n x i P r o v i n c e L i v e s t o c k a n d P o u l t r y R e s o u r c e s D a t a P l a t f o r m C o p y r i g h t © N o r t h w e s t A & F U n i v e r s i t y A l l R i g h t s R e s e r v e d T h i s s i t e i s d e s i g n e d t o w o r k w i t h I E 9 a n d a b o v e , F i r e f o x , C h r o m e , S a f a r i a n d O p e r a . I f y o u n e e d s o m e h e l p , f e e l f r e e t o c o n t a c t u s .

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